该所从筹建起，就深知其远离我国高校学术主流圈和国家的政治中心，面对充满发展生机和利益诱惑的市场化潮流，去研究极为敏感和颇有风险的现实政治问题，也许不合时尚，但虽处于学术“边缘”，却研究政治“中心”，实在又是项很有挑战性的工作，另有魅力所在。几年来，该所努力藉我国改革开放的“天时”，深圳经济特区的“地利”和深大中青年政治学者的“人和”，主动创造相对优势，积极探索在社会主义市场经济条件下发展社会科学研究的新路子，在既无专职研究编制，又无财政拨款，也无独立办公地点的现实中，通过不断与学术、政治中心的交流、合作，以主动承揽和积极应标等方式，争取各类研究项目与经费，并围绕课题研究逐步形成了以青年教师和研究生为主体的两支研究队伍，专以研究在中国政治发展中具有重大现实意义的理论问题和具有重大理论意义的现实问题为己任，以研究人员的自由、自愿组合为基本形式，以坚持研究对象的“本土化”特色和争取研究成果的“全球化”意义为主要特点，努力在推进中国政治发展和为各有关方面的服务中，全方位地争取社会各界的支持。
近年来，该所率先发起了对深圳市龙岗区大鹏镇以“三轮两票”（又称“两推一选”）为特点的镇长选举方式改革研究和对深圳市宝安区沙井镇的财政体制改革研究，先后出版了《中国基层民主发展的最新突破——深圳市大鹏镇镇长选举制度改革的政治解读》（社会科学文献出版社，2000）和《中国乡镇财政管理体制改革的新探索——沙井镇个案研究》（中央编译出版社，2001）等个案实证研究的著作；先后完成了北京天则经济研究所“政府体制改革”研究项目的三个子课题：“我国政务类与业务类公务员分类制度的可行性研究”，“我国乡镇长选举创新研究”，“我国省部级领导干部家庭财产申报制度问题研究”和美国福特基金会资助项目“中国乡镇长直接选举的渐进发展与选举制度改革研究”。目前正在承担的主要研究项目有：教育部与广东省共建的省属普通高校人文社会科学重点研究基地——中国经济特区研究中心的重大项目“深圳市与中国其他地区乡镇长选举方式改革的跟踪与比较研究”；教育部人文社科“十五”规划项目“中国基层政权建设与乡镇长选举方式创新研究”；中共中央组织部党建研究所2002年调研项目“新时期人民内部利益关系问题研究”的子课题“社会利益集团的产生对地方政治的影响”；深圳市社会科学“十五”规划项目“‘三个代表’思想与深圳经济特区政治现代化研究”等。
该所在筹建和发展过程中，积极致力于开展学术交流，曾于1998年5月与中央编译局当代马克思主义研究所、中共深圳市委宣传部、中共深圳市委党校、深圳特区报等机构合作，在深圳大学成功举办了我国较早的一次全球化问题学术研讨会——“全球化与当代社会主义及资本主义研讨会”，对推动我国对全球化问题的研究做出了积极的贡献。2000年4月底，在深圳市大鹏镇“三轮两票”选举镇长一周年之际，该所又与中央编译局当代马克思主义研究所、社会科学文献出版社、中共深圳市委宣传部理论处、中共大鹏镇委合作，在大鹏镇成功举办了“‘两票制’镇长选举方式改革研讨会”，对推进我国基层政权的民主政治发展做出了努力，此次研讨会后来被评为深圳市社科理论界2000年的“十件大事”之一。该所所长黄卫平教授也曾于2001年9月出席了在英国萨赛克斯大学发展研究所举办的“中国治理问题国际学术研讨会”，并作了关于中国乡镇长选举方式改革研究的发言，该项研究的成果于2001年陆续在中央编译局的《马克思主义与现实》（2001，5）和美国的《当代中国研究》（2001，4）等刊物发表。为了促进对当代中国政治的研究与评论，该所还与社会科学文献出版社和深圳大学中国经济特区研究中心合作，在2001年起主编出版文集《当代中国政治研究报告》，每年出一集，以期增进与中国政界、学术界的多元互动。
