《清华大学学报》创刊于1915年，时称《清华学报》。近年来清华文科发展势头迅猛，文科各学科不仅集中了来自全国各地的著名专家学者，而且在很多研究领域都处于国际或国内领先地位，人们已经逐渐转变了清华是纯粹工科学校的看法，逐渐把清华看成一个真正的综合性大学。与此相应，《清华大学学报》（哲学社会科学版）
学报1915年创刊后，在“自强不息，厚德载物”的校训氛围中，以“博通今古，融贯中西”，“阐发学理，宣扬文化”为宗旨，用至真、至善的精神为学术创新构筑了一个学术高地。迄今已整历90春秋，其间发表论文8000余篇。作为学术窗口，它展示了清华大学丰厚的学术积淀；作为学术园地，它亦培育了清华的一代代学人。清华一代学术大师均有著述在于其中。仅在1950年以前就发表有梁启超、王国维、陈寅恪、胡适、金岳霖、马寅初、顾颉刚、王力、赵元任、冯友兰、闻一多、朱自清、俞平伯、钱穆、张岱年、朱光潜、梅贻琦、叶企孙、吴有训、丁文江、翁文灏、顾毓?、周培源、钱伟长、张维、张光斗等的论文近百篇。这些作品引领了当时的学术潮流，不少为所在学科的奠基之作或代表作，涉及哲学、历史、考古、宗教、语言、文学、教育、政治或曰“国学”和科学技术等广泛领域，多为原创性作品，至今仍为专业学者称道和引用。
在此，尤应一提的是曾做过学报编辑的叶企孙、梁思成、梅贻琦、闻一多、曾昭抡、潘光旦、萨本栋、顾毓王秀、朱自清先生。其中叶企孙先生在1917年尚为学生时，从一名学报的学生英文编辑，到在学报发表其第一篇论文，又成为一位清华教师，到担任学报编辑部主任，再成长为名驰世界的一位科学大师。在他与学报的情结中，折射出学报在培育学术人才方面的积极功用。
新中国成立后，《清华大学学报》于1955年复刊，为理工类的综合性期刊。1986年学校创办了《清华大学学报》（哲学社会科学版），理工类学报相应更名为《清华大学学报（自然科学版）》。为适应改革开放和扩大对外学术交流，1996年学校又创办了《清华大学学报》（英文版）。自然版被Ei收录约4200篇，位居中国科技期刊的榜首；社科版在近年综合性大学学报影响因子均值排序中位列前三名。
学报自1955年复刊以来，已出版45卷，逐渐成为全国有较大影响的学术论坛。在清华大学工作的两院院士中有41人在学报发表过300余篇论文，不乏作者的首篇论文或学科奠基性论文。
20世纪80年代以来，学报在改革开放的大好环境下，声誉不断扩大。仅据2004年的统计，近4年学报所发背景项目获得国家三大奖的论文达176篇。被Ei、CA、MR等文摘机构和数据库收录，并在中国期刊网、万方数字化期刊网等全文上网。在国家和权威部门组织的评奖活动中所获荣誉有：首届国家期刊奖（1999），第二届国家期刊奖（2002），第三届国家期刊奖提名奖（2004）。教育部历届优秀期刊一等奖；中国科学技术信息研究所的历次“中国百种杰出学术期刊”称号等。英文版学报继2003年被Ei收录后，2005年入盟Elsevier Direct，使英文版进入更广泛的国际视野。
90年来，学报取得了不蜚的成绩和良好的声誉。但总体说来，清华大学和学报编辑部都认为，近年来，学报还不能充分反映学校的科研水平，与清华大学的学术地位还不相匹配。比如自然版发表的论文，原创性稿件数量比例小，其大部分投向SCI刊源期刊，这是绝大部分中国期刊面临的共同性的挑战性问题；与近年清华大学人文社会科学学科的发展相比，社科版也明显滞后，现在社科版已调整方向，决心改变以前那种大拼盘的做法，将主要发表文史哲方面的研究论文，接续清华传统，突出清华特色。学报将在学校的领导和支持下，制定相关激励政策，加大组稿力度。以优质的服务、较短的发表时滞、深入科研一线协助作者完成领域性综述类和进展性论文；结合国际会议组织优秀稿件；充分发挥学校请进来的专家学者学术潜力，将他们学术成果以论文形式发表在学报上，促进学报影响力不断提高，逐步向国际化期刊迈进。
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