学院的历史渊源有二个：一是希腊古典时期的雅典，二是意大利文艺复兴时期的佛罗伦萨。古希腊的学院是学者与艺术家集会和授徒的组织，将人对世界的掌握和解释作为活动内容，以科学和理性为基本观念和宗旨。文艺复兴时期的艺术家将艺术从手工劳动上升到一种人文科学，因此设立了美术学院，以区别于行会授徒模式。在美术学院中，观察和再现形象（现象）世界的原则和方法逐渐完善，它们与透视学、解剖学，以及光学和力学等自然科学的发展密切相关，并与化学、天文、地理、人的心理、文化等关于“七艺”的学科相关，再寻得再现人的形象和世界现象的历史遗产，将希腊罗马的古典主义艺术作为艺术的最高经典，以之作为“艺术”这门学科的判断标准。这样就确立了学科的方法和标准，“美术”作为一门科学，其本质与其他学科接近，甚至等同，美术学院即以此教授学生。当代的美术学院依然担负着传承与创新的任务，但却遇到了自身的问题。
美术学院的问题有二种：一种源自艺术与科学的差异，另一种源自传统艺术与现代艺术（实验艺术、先锋派和“当代艺术”）之间的差异。
科学和艺术共同构成了人类文明，但二者分属人性的不同方面，经由人的不同精神系统和生理感官作用于世界与生活，因此，历史上的艺术和科学虽然多有交错，互相促进，但它们是两回事！否则一种早已被另一种替代和吞并。文艺复兴时期，达・芬奇和米开朗基罗的理想是将艺术提升为科学，他们并非不明了科学和艺术的不同，但是当时艺术与科学的概念和现代不同。当时艺术的主要目标是探究世界，并用图画、雕刻或其他方式表述人对世界的认识。艺术成为认识世界、表现世界的途径，与科学的目标相类似。这虽然是人文主义和理性主义的精神特色，追其源，终究是受制于希腊文化对艺术的定义和规范。
希腊艺术最根本的理念是理性和尺度。从表面形式上观察，希腊艺术的规则直接引自埃及，但是与埃及高度规程化和样式化的艺术相比，希腊的变革极为重要。简单来说，埃及的规则基于对一种规范的信仰，信仰基于人对于世界的信念，这种信念构成了意识形态，由法老和僧侣――政治和精神统治者用国家制度和教义来强制推行。埃及虽有以手指等为单位的度量规范，但这种规范是用教义命名和规定的，一旦确定，它就成为一种文化权威，被用来衡量世界上的事物和设计人类社会的制度，而且延伸到对死后世界的统辖。埃及的艺术成为信仰和思想的载体，是人性中思想性的变现，导源于统治的动机，指向社会和个人必须服从的目标，这个目标永远是超越和神圣的，而且同时是神秘的，不可证明，也不允许追问。不难理解，当埃及的政治和宗教权力发生重大冲突时（如十八王朝埃赫那吞时代），艺术样式的变更和表现方法的变化成为最为明显的特征。希腊人同样使用埃及尺度规范来制作艺术，但却经过人为测量和计算发展出标准人体（Kanon,Canon）。以传世的波利克里特（Polyklet）的作品和吕希普斯（Lysippos）的作品为例，它们并不是为了满足教义或政治权力的需要，而是作为个人的艺术家，运用自己的理性对物质世界的中心形象――人体，进行测量并经过计算得出来的结果。无论如何解释“美术”之类的概念，埃及人和希腊人同样是用尺度和比例来建造与表达“完美”或“理想”的存在，但这两种尺度却来自于完全不同的人性方面，具有根本的差异。以此言之，希腊尺度是理性的结果，它相当于科学；而埃及尺度是教义的规定，相当于思想、宗教和意识形态。因此，学院就在这种精神状态或人性特质上建造起来。令人不可或忘的是，雅典学院门上柏拉图所写的院规：“不懂几何者不得入内”。“几何”的希腊词源是测量土地，这种算计性正是理性的特质，也是科学的本质。在古希腊传统中，学院是科学产生和传授之所在。
清理了美术学院科学性质的根源之后，就不难理解在美术学院内部产生这样的疑问，即艺术是否可以在学院被传授的问题。对于这种疑问的史实描述，尼古拉斯・佩夫斯纳在《美术学院的历史》一书中有所梳理。对于这个问题，作为中央美术学院院长，吴作人也一直有所在意。他拜托沈宝基先生（1934年在法国留学，获博士学位后回国任教，1946年起与吴作人在北平艺专同事）译出了《美术能传授吗？》一书，书中提到：
艺术不可以被教授
艺术上“非理性的”观念，这一回轮到它进入教学中来了；它替代了一向作为整个教学学说基础的理性的观念。“非理性论”，我们看见它的出现，在18世纪中叶还是犹豫，还是不定的，后来在19世纪过程中，越来越明确坚定了。对于非理性论来说是独尊天赋，是浪漫主义；
对浪漫主义者来说，想象和敏感不能受理性的约束，学业的限制。艺术品本身就是一种自然的创作，而且像自然一样，不可从属于任何规则，任何科学；而只是由它的新颖，独立存在。不是什么选择问题，美丑问题，艺术家只能听从自己的灵感。天才无耐心。
其中提出了形成这种疑问的观念原因，即古典主义和浪漫主义艺术观念的冲突，其更为基本的原因是艺术与科学的差别。以科学性质（理性）为主导的作品，艺术上强调规律、准则、范式与和谐，以表现物质世界的现象和现象之上的“形而上”理想典范为最高目标，从而偏向古典主义；以艺术性质（情性）为主导的作品，艺术上强调自在、偶然、个性与激情，以表达人的精神为最高目标，从而偏向浪漫主义。人的本性的二个方面（理性和情性）本来与人的第三本性（思性）三性集于一身，并存于个人之中，并存于人口学（以人的群体划分其间的差异和相互构成关系）意义上的民族和文化之中，并存于人类之中。无论偏重哪一方面，都可以并存不悖，相安无事。但是由于人的第三本性是信仰、思想及其外在意识形态所依据的思想性，它既是人与生俱来的自由本性的原因，同时又是人间群组各自自我认同、党同伐异、引发最根本冲突的根源，这种冲突与集团利益冲突共同形成了文化的差异、国家和民族的区隔以及不同的艺术观。本来古典主义所说的“艺术”与浪漫主义所说的“艺术”不是同一件事情，它们却要在学院里面争占创作阵地和权力、抢夺教席以伸张自我的主张，教导学生。而美术学院本来是以偏向理性和科学的艺术观念为基础建造的，是古典主义艺术的基地，也是专门教授经典艺术的机构。但是当艺术家和思想家发现或者觉悟到艺术的本质并非仅仅如此，或者根本不是如此，问题就产生了。
第二个问题即美术学院教学与当代艺术实践之间的差异，其中实际包含着双重矛盾。第一重矛盾仍然是艺术和科学的矛盾，人们对艺术中不可规范的因素继续提出质疑，从而持续着学院内部的争论，似乎是古典主义和浪漫主义冲突的现代化。或者说，科学和艺术在美术学院问题的冲突，已经延伸进入了新媒体、新门类、新方法的教学领域，进入了设计、影视和计算机艺术、新兴综合媒体的艺术时代。第二重矛盾更为深刻。现代艺术运动从19世纪80年代开始，已经进行了四次重大的艺术观念革命，现在我们所说的“当代艺术”中的“艺术”，既不是古典主义的“艺术”，也不是浪漫主义的“艺术”，而是一种美术学院史上从未遭遇、处理和研究过的人类精神新领域。“艺术”在当代社会中发挥着前所未有的作用，对个人的生活、心理乃至文化境遇和流行思潮产生了巨大的影响。Peter Schneemann的论文中有如下表述：
在那些读起来好像英雄史诗一般的早期现代艺术史中，一位真正的艺术家必然在抗争着学院式的、官方化的艺术训练系统，而学院里的老师则多半不仅不支持他的艺术探索，反而对他进行打压。这位艺术家于是被迫成为一名自学成才者。因此，是艰难复杂的生活经历而非学院训练，造就了这位艺术家的辉煌。对20世纪的艺术学生们而言，一种位于内心召唤和职业选择的两级之间的、对艺术家身份的自我认同，较之建立在抽象信条、严格原则以及系统训练基础上的学院教育，无疑更具有决定意义。
面对面的、精准的指示，强制性的模式，以及关于风格的限制，这些现在都被一种自由的观念和一种伦理的维度所取代。通过艺术自我在艺术上的真实反映，艺术以新的方式被赋予了合法性。
在巴黎这个传统美术学院的核心基地，事情的发展更具有鲜明的革命性特征。Dufrêne教授的论文是这样描述的：
巴黎是19世纪末20世纪初的艺术之都。如果说直到今天仍然有众多年轻艺术家到此求学，原因就在巴黎曾经给“如何成为艺术家”这个问题提供过不少答案，其中不乏在危机过后。其中一种即在“学院/美术学院/官方职业生涯”的体制下（从1816年开始）：众多无论是法国本土抑或来自国外的艺术家，研习过素描、技法，聆听过教授们的指导，经历丰富（参加各种比赛，获得奖牌）。他们凭借自身的才华，借助工作室导师的提携，获得种种在法国或在国外（学成归国之后）的委托创作的机会。然而，这套体系完全不符合现代艺术，尤其是印象派出现之后的情况（1874）：一边是学院派艺术家，他们掌握一定的方法、技巧、传统，可以传给年轻人；另一边是自由艺术家，他们受大胆的批评家和画商支持，在他们的帮助下使自己新的艺术取向获得认可，使艺术活动成为一种持续的创新，从而激励年轻人寻找自己的创作方向。
这种艺术自身的结构性革命带来的后果，直接挑战美术学院的艺术观念和教学制度。表面上，问题似乎相同：“艺术是可以教授的吗？”但是，第一个问题追问的是传统意义上的艺术天才是否需要训练和培养，或者怎样培养；而第二个问题追问的是传统艺术是不是艺术的本质和最高形式？如果不是或不完全是，那么人们要在美术学院里做什么？这个问题首先在19世纪末欧洲的美术学院中提出，在上世纪60年代末70年代初演化为公开的讨论，从而彻底地改变了美术学院的建制与方法，越来越多的美术学院转向为设计学院和视觉创意学院，已经不再以培养自由艺术家即纯艺术家为职责，从学科的设置和教育的内容和方法上，返还到学院的科学训练和知识传授的方向，或者工程训练的方向，从而一次性消解了美术学院历史的二个问题和双重矛盾。
中国的美术学院自从引进西方制度之后，还存在着第三个问题，也就是希腊古典―文艺复兴艺术观念与中国的书画和“艺”，即中国传统的“艺术”观念之间的差异。在美术学院的立场上来看待这个问题，从消极的方面着眼，中西艺术观念的差异阻碍着美术学院的精神实质在中国传播，增加了学生用纯粹科学方法观察世界、掌握造型手段的难度；从积极的方面来看，在中国，对于上述美术学院的双重问题一开始就有一种批判的、或者说审视的眼光。中国传统的艺术观念，既不同于西方古典艺术观念，也不同于西方浪漫主义观念；既不同于与西方传统的艺术观念，也不同于西方现代艺术的观念。具有民族文化自信心的学者和艺术家在学院制度引进之初，就已经考虑过如何把中国传统艺术的精华和传习方法羼入学院，为创造性地建设美术学院，在世界范围内作出了一些值得研究的探索。
中国的美术学院虽然是引进的制度，但它也是中国古代画院制度的一种现代化呈现，然而这次现代化进程并非画院制度自我更新的结果。在以画院制度为典型的中国艺术传统在经历了西方文化的冲击之后，为了救亡图存，国人利用各种渠道、各种方法向先行发达的国家求取改造自己的国家、复兴自己民族文化的教育制度、训练手段和创作方法。从西方引入的新制度替代了画院制度之后，美术学院在中国形成并逐渐演变。但无论是新文化运动的激进措施，还是保存和发展民族艺术的韬晦策略，美术学院在中国形成和发展过程一经开始，无不受到这个国情和艺术传统的影响；更重要的是，当学院制度引进之后，一方面国人不断吸收和引进外文化的先进成果和成功经验，先后赴日本、美国、西欧和苏联考察制度，并派员留学、引进教师；另一方面，他们也不断尝试结合中国的伟大传统，试图让自己的文化通过制度性的教育和传承，立于世界艺术之林，并且能够一木独秀，在文化的某些焦点上发挥其特长，引领世界，从而完成民族的伟大复兴。一方面学习西方，一方面独立发展自己的文化，这就构成了中国的美术学院建立近百年来丰富多彩、复杂深刻的历史。
