如果说在必修课上采用研究性学习的模式容易与现行的教学时间、教学进度发生矛盾，尚需研究解决办法，那么，在选修课上，这些冲突就会小得多。针对这一实际情况，北京汇文中学在积极探索必修课中进行研究性学习的同时，把选修课作为开展研究性学习的重要课堂。
从1998年开始，汇文中学在高一、高二，实施“三板块”教学模式。每个学生除完成国家规定的必修课程外，还要分别修满22课时的必选课和12课时的任选课。在30多门选修课教学中，各科教师想方设法，体现研究性学习的开放性、探究性、实践性。
在传统的化学课实验中，都是教科书上给定操作程序和药品种类。在高一开设的实验选修课中，他们改变了这种办法。老师让学生根据自己的知识水平、实验技能，自主设计实验报告，自己设计操作程序，预见操作结果。在设计测量“阿伏加德罗常数”这一实验时，多数同学采用“分子膜”方法，这种方法较为简单，但误差较大，而邹鹏同学利用了“电化学”方法，虽然操作及可控制性有一定难度，但准确性大大提高，这恰恰是当初科学家们所使用的方法。“遥远”的科学研究一下被拉近到自己身边。同学们说：这种乐趣，在灌输式教学中是根本无法体验到的。在实验选修课中，实验专题的选择多数来自现实生活，来自学生，例如：如何确定食盐中是否含碘；测定洗衣粉中的含磷量等等。这些实验锻炼了学生解决实际问题的能力。学生经过亲身操作，还能评价课本或某些习题集中哪些题目具有可行性，哪些题目则相反。
探究性实验还被引入了生物选修课。在“培养和观察酵母菌种群变化”的实验中，学生连续7天观察，统计数据，绘制变化曲线，并进行比较分析。他们发现各小组的数据虽不完全相同，但种群数量的上升、趋于稳定、下降的变化规律却是相同的，围绕着对这一规律如何作出科学解释等问题，师生经过讨论，得出结论。后来学生在课本上学习到种群增长的有关知识时，非常兴奋，因为他们通过自己的实验发现了有科学家完全相同的结论。
学生自己设计的实验结果很可能与最初的期望有较大的差异，当实验发生问题时，是放弃重做还是修正计划继续进行，由学生自己讨论决定。这会使学生从中领悟到科学是不断探索的过程，找出差错的原因有时是一种更加重要的学习过程。
汇文中学的研究性学习在选修课中涉及面很广，教地理选修课的老师，引导学生从教材及生活中找出了“能源的利用与保护”、“城市垃圾”等一批研究性专题，经过社会调查，学生写出了《学校食堂能源利用的环境效益与经济效益评估》、《北京垃圾回收的几点建议》、《麦当劳的垃圾产量调查》等多篇很有见地的调查报告。在天文选修课上，学生要在学校的天文台上自己选择仪器来完成不同的天象观测，这需要依据所学的天文知识，研究分析被观测物体的实际情况。1998、1999年，学生们在北京郊区观测“流星雨”拍摄的照片，获得《全国流星雨观测通讯一等奖》。
几年来，汇文中学的选修课给研究性学习提供了广阔的空间，研究性学习也使选修课提高了档次，深化了其培养学生研究意识的功能。
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