改革开放以来，我国农村经济有了快速发展，但随着农业的发展，农村环境污染和生态破坏问题日益突出，严重威胁农村公共卫生安全。造成农村生态环境污染，威胁人民身体健康的主要因素有农业环境污染、乡镇工业污染、农村居住环境污染和农村主要废弃物污染。
农业环境污染指的是农业生产活动自身所造成的污染。农业生产活动为农业增产起到了积极的作用，但过量施用农药和化肥，以及引用未经处理的污水灌溉，造成了不同程度的农村环境污染。
据统计，我国农业每年的化肥使用量超过4000万吨（折纯），农药使用量达到120万吨以上（制剂），农用塑料薄膜的使用量为130多万吨。
化肥和农药的过量使用，造成了对粮食、蔬菜以及大气、水体、土壤等环境要素的污染。
我国一些常用农药，如甲胺磷、久效磷等都是碱酯酶抑制剂，对人和哺乳动物以及一些有益生物，都具有较高的毒性；一些农药虽然急性毒性较低，但却有较高的慢性毒性或三致毒性，施用后会造成更严重的潜在危害。
而长期过量施用化肥，不仅造成土壤物理性质恶化，还造成对环境及农产品的污染。如土壤中硝态氮增加，可能与食道癌的发病有关。
同时，我国农村利用城市生活污水和工业废水灌溉农田由来已久，范围很广，目前已经达到361.8万公顷，占全国总灌溉面积的7.33％。但大部分污水未经任何处理直接引进农田，给污灌区土壤带来了大量的污染物，再加上缺乏常规监测及科学管理，排灌系统不健全等，造成对土壤及地下水的污染。
乡镇企业异军突起，已成为我国农村经济乃至整个国民经济和社会发展中不可替代的力量。然而，乡镇企业的快速发展也给农村生态环境带来了很大的压力，成为农村社会的最大污染源。
据统计，1990年全国乡镇企业的“三废”排放大体为：废气2.08亿标立方米，废水排放43.8亿吨，固体废弃物产生量0.51亿吨，而且增长很快。许多乡镇企业没有很好的污染防治措施，不具备防治污染的技术能力和资金保障。而且，大部分乡镇企业与农田、农村居民点交织在一起，更容易造成直接污染。
我国小城镇规划中存在规划不合理，布局混乱的问题，给小城镇建设、改造带来了巨大的困难，同时给居民生活带来了诸多不便以及健康上的危害。
如南方以及沿海一带农村居民通常是饮用村前、宅后的河溪及塘水，水源周围有很多任意处置的生活垃圾、粪缸、污水坑等多种生活污染源。在北方省份农村，由于房屋密集，庭院面积小，在水井周围带有厕所、粪坑、牲畜圈栏。各地分散式供水的饮用水源受生活污染的影响相当严重。
农作物秸秆、农村人畜粪便以及农村生活垃圾是目前我国农村三类主要废弃物。
随着农村经济和生产力的发展，部分地区农作物秸秆烧、沤、饲的传统方式已转变为堆积在田头、路边或作为废弃物付之一炬的处理方式。这不仅浪费了宝贵的自然资源，而且妨碍交通，污染环境。
目前农村和城镇人粪尿的处理处置严重影响环境卫生。据调查，农村粪便无害化处理率很低，平均不到3％，许多粪便不经处理或化粪池便直接排入江河，严重污染了水源和环境。同时，一些大型的专业化饲养基地，排出的氨恶臭、细菌等进入生活居住环境，已经成为一种“公害”。
与此同时，城市垃圾场地一般都设在城镇郊区，农村承受了农村和城镇共同产生的生活垃圾。在垃圾清运和堆放过程中不仅引起二次扬尘，而且在露天堆放过程中，产生的NH4等无机气体和甲烷等几十种挥发性的有机气体，可污染约4倍于填埋场面积的环境。同时，垃圾堆放过程中，有机物分解，产生了多种酸性的代谢产物及水分，在雨水的淋滤作用下，垃圾中的重金属被溶解并随渗滤液流入到地表或渗入地下，垃圾中的病源微生物也可渗入滤液中，构成了有机物、重金属和病源微生物三位一体的污染源。
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