厦门大学及时地抓住“985工程”建设这一契机，认真实施“高层次创造性人才工程”，对国民经济建设急需的和新兴的学科以及具有传统优势的基础学科的队伍建设加大投入力度，对能够领导本学科进入国际先进水平的优秀学术带头人，给予重点资助和支持，形成国内一流、适应国家创新体系建设、具有国际竞争力的学科带头人和创新群体，在学科建设、知识与科技创新方面发挥了重要作用。
经济学院通过加大力度造就出类拔萃学术人才，有力地促进了学科持续强劲发展。经济学院现有担任国务院学位委员会学科评议组成员、国家社科基金评委、教育部经济学教学指导委员会委员、“国家有突出贡献的中青年专家”、“闽江学者计划”特聘教授、“教育部跨世纪人才”共9人。三年多来，在学科带头人的推动下，增加了“金融学”、“政治经济学”国家重点学科；增设了“理论经济学”一级学科博士学位授权点和“理论经济学”博士后流动站。数学系加大人才引进和培养的力度，博士学位教师数从1999年末的13人增加到25人，双聘院士2人，国家级有突出贡献的中青年专家2人，入选教育部跨世纪人才培养计划1人，从而带动了一级学科博士点“零”的突破，二级学科博士点数也从1个增加到5个。计算机与信息工程学院采取积极主动的方式，三年多来从国内外引进高层次人才26人，使原来薄弱的学科迅速崛起，新增了2个二级学科博士学位授予点，实现了工科博士点“零”的突破。全校国家重点学科由7个增加到13个，都是“985工程”和“211工程”一期建设期间重点扶持的项目。
通过“985工程”的人才工程建设，学科带头人中共有12人科研经费超过100万元，科研经费共计3230.9万元，占全校科研经费的37.1％。其中，生命科学学院通过“985工程”引进的夏宁邵、林圣彩两位教授个人的科研经费分别达897.61万元和118.6万元。夏宁邵从2000年1月到2003年3月，纵向和横向课题经费达到2098万元。“985工程”专项资金资助的“长江学者奖励计划”特聘教授焦念志共获得国家基金委项目、国家973项目、国家重点基金项目、福建省科技重大项目6项，经费504万元。
通过“985工程”的人才工程建设，学校的科学研究与科技创新能力增强了。以夏宁邵为课题组长的课题组研制出了“艾滋病毒重组抗原及第三代艾滋病毒抗体EIA诊断试剂盒”，获得了2001年度国家科技进步二等奖、2001年中国高校科技进步一等奖以及2000年国家二类新药证书。学校“985工程”设立了“闽江学者奖励计划”，特聘教授杨斌主持的教学改革项目《经济管理教学实验室建设和教学手段改革研究与实践》于2001年12月获国家级教学成果二等奖，其专著《西方个人所得税模式的不可行性及中国式个人所得税的制度设计》于今年1月获国家税务总局全国第四次税收学术研究优秀成果一等奖等。
“985工程”建设加强了对创新团队的重点资助。化学化工学院的国家自然科学基金委首批创新研究群体15位科研人员均具有副教授以上职称，均为留学回国人员，均具有博士学位。2002年，他们获得了国家重点基础研究发展规划（973）项目课题经费600万元，国家杰出青年科学基金80万元，国家基金纳米科技基础研究重大计划80万元，国家基金重点项目经费150万元，国家基金（重点）90万元。该群体建立两年来，共在SCI刊物上发表论文157篇。
在此示范之下，海洋与环境学院大力加强了环科中心创新团队的建设，一方面积极引进高层次人才，另一方面加强内部整合和团队协作，力争建成国家级创新研究群体，并将“厦门大学海洋环境科学教育部重点实验室”升级为“国家级重点实验室”。2000年来，他们引进了包括“长江奖励计划”特聘教授在内的13名高层次人才，其中12名具有博士学位，使环科中心形成了一支以中青年博士为主体的具有创新与协作精神的学术创新团队。
