原重庆大学和原重庆建筑大学原是门对门的邻居，现在成了同一所学校的两个校区。川流不息的学生队伍，成了新重大“深度融合”的象征。
2000年5月31日，教育部直属全国重点大学重庆大学、建设部所属全国重点大学重庆建筑大学、中国建筑总公司所属全国示范高等专科学校重庆建筑高等专科学校，合并组建新重庆大学。
这3所学校各有优势：重庆大学是全市惟一进入“985工程”和“211工程”的高校；重庆建筑大学在本领域享有极高声誉，毕业生长期供不应求，教职工福利也很好；重庆建筑专科学校则是全国专科学校的排头兵。
重庆大学党委书记祝家麟时任建筑大学校长，这所学校的很多教职工和校友都认为应该保住原有品牌和待遇。建筑专科学校的教职工也怕失去原有的办学层次后受气。并校动员一度十分困难，还有人提出分校区相对独立管理的模式。
在合校工作千头万绪的情况下，党委集中精力抓中心组学习，在确保平稳过渡的前提下，实现领导、组织机构、规划、财经、规章制度“五个统一”。
来自不同学校的干部如何评价？如何安排？这是极为敏感的问题。校党委严格遵循干部聘任程序，再次化解了矛盾，在新重大成立后的一个月内，就一步到位地重组了校部机构，聘任了干部，形成了推进合校的领导力量。
合校之初，正值全国开展“三讲”教育之际。刚刚组建的校党委以此为契机，进行了有1400多人参加的集中教育。校党委还接受了1200余人的民主评议和测评，针对收到的近万条意见和建议，提出了30多项近期和中期整改项目。随着整改项目的迅速实施，新校领导班子渐渐赢得了师生的信任。
专业和学科整合，是合校的初衷，涉及面最广、教师反应也最强烈。校党委为此召开了40多个规模不等的专题会。最终，对教师队伍冲击最大的专业和学科整合，推行起来波澜不惊。
祝家麟说，门第等级观、亲疏派系观，是高校合并时必须面对的险关。新重大党委正是出自公心，凭借公开、公平、公正，使新校迅速渡过了合校之初的危险期。
摆在新校班子面前的第一张考卷，是干部聘任。处理不当，不仅无法像预期的那样降低管理成本，还在客观上形成了相互掣肘的局面，需要很长时间、花费大量精力才能化解矛盾。
新重大在合校之初的首次干部聘任中，校党委虽然也适当考虑了校区分布、平稳过渡因素，但在“小机关，大服务”原则下，始终坚持民主推荐、个人自荐、征求群众意见、组织集中考察、应聘者公开答辩、常委会研究、表决通过后任命的程序，并据此将原三校校部的49个处级机关调整为20个，将中层干部由325人精简为261人。
在学术民主的基础上，原三校的46个院（系）、近60个二级党委、党总支和党支部调整为23个学院、23个二级党委、7个党总支和4个直属党支部。
通过一系列的调整整合，新重大凸现了三校合并的直接效应：降低了管理成本，提高了运行效率。
新重大组建后，根据原三校的各自优势，丰富了办学层次，在学科建设上也提出了“优化工科、充实理科、加强经济管理学科、发展人文社会科学学科”的发展方向。
2002年，新重大成功申报了12个“211工程”重点学科，其中3个为原建筑大学的学科。近两年，新重大共获得国家科技进步奖4项，国家科技发明奖2项，优秀教学成果奖一等奖1项、二等奖7项，教育部科技进步奖7项，教育部社科类优秀论文奖1项。同时新增博士学位一级学科点5个、二级学科点14个，硕士学科点28个。这是三校合校之前从未有过的成绩。
三校合并，也使新重大在服务地方经济与社会发展时如虎添翼。全校20多个学院中，一半以上都投入了与三峡相关的科研。学校以专业优势为科研突破口组织集体攻关，近年来共完成与三峡工程及库区相关课题100余个。在重庆市委提出加快城镇化步伐后，新重大依托原建筑大学和建筑专科学校的优势，成立了城镇化建设研究中心，在专业、知识、技术、人才等方面全力参与。在深度服务地方社会经济发展的过程中，新重大也进一步提升了知名度和影响力。
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