目前学术界在谈论清初学术与宋明理学的关系时，一种比较有代表性的观点认为，清初学术与宋明理学走的是截然相反的路子。这种观点显然受到梁启超和胡适的影响。他们认为，清初学术从积极方面看，发展为经学考据学；从消极方面看，表现为“反玄学”的运动或革命。梁启超列举了明末清初学人反理学的五大方面，认为“后
严格地说，清初学术（除颜李学派等个别之外）批评的对象主要是明末王学或者说是王学末流的空疏。如顾炎武说：“古之所谓理学，经学也”，“今之所谓理学，禅学也”（《亭林文集》卷三，《与施愚山书》）。这里的“今”指明末的王学。他对朱熹是认同的。黄宗羲对“今之言心学者，则无事乎读书穷理，言理学者，其所读之书，不过经生之章句”的学风，也颇为不满。他虽是王学中人，但主张对王门后学空谈心性的特点进行批判改造。他说：“明人讲学，袭语录之糟粕，不以六经为根柢，束书而从事于游谈。”（全祖望：《鲒?亭集》卷十一，《梨洲先生神道碑文》）其时，更多的学者力主朱学与王学兼采，侧重在宋明理学内部作调整，并试图回归朱学。如孙奇逢反对把陆王与程朱对立起来，说：“陆王乃紫阳之益友忠臣，有相成而无相悖。”（《四书近指》卷一，《大学之道章》）又如李?主张融合程朱与陆王，说：“学术之有程朱，有陆王，犹车之有左轮，有右轮，缺一不可。尊一辟一，皆偏也。”（《四书反身录》卷七，《孟子下》）再如陆世仪反对门户之争，认为程朱的“居敬穷理”与王阳明的“致良知”，“皆所谓入门工夫，皆可以至于道”（《思辨录》卷二，《居敬类》）。，清初在熊赐履、陆陇其、张伯行、李光地等人的努力下，清政府出于政治上的需要，采取“崇儒重道”的文化政策，定朱学于一尊，程朱理学成了官方之学，从此王阳明心学一蹶不振。
毋庸讳言，清初学术界确实出现了一股辨伪思潮。陈确对《大学》的权威性提出质疑，称“《大学》首章，非圣经也。其传十章，非贤传也”（《陈确别集》卷十四，《大学辨》），他否定《大学》为孔子、曾子所作。胡谓则系统地清算宋易中的图书之学，以为此非圣人之《易》，而是《易》外别传，圣人之《易》与图书之学这两者“离之则双美，合之则两伤”（《易图明辨》卷首，《题辞》）。阎若璩对《古文尚书》疑案进行梳理后断言：“晚出之书，盖不古不今，非伏非孔也，而欲别为一家之学者也”（《古文尚书疏证》卷二）。既然晚出《古文尚书》是伪造的，那么理学家所推崇的《大禹谟》篇中的“十六字心传”（即“人心惟危，道必惟微，惟精惟一，允执厥中”）就不可信。如此等等，就使理学受到了空前的挑战。但清初学术并未脱离宋明理学的影响，顾炎武治经所反对的是理学中出现的空疏学风，而对宋明理学经注是兼采的。黄宗羲主张“取近代理明义精之学，用汉儒博物考古之功”（《南雷文案》卷一，《陆文虎先生墓志铭》）。阎若璩论证晚出《古文尚书》和孔安国《尚书传》为伪，也受宋代疑经和明代中叶以来考证学风的影响。他的《四书释地》对朱熹多有维护，称“天不生宋儒，孔子如长夜”（《潜邱杂记》卷一）。胡谓反对宋易，矛头所向是其图书先天太极之说，而对其义理则给予充分肯定，其《易图明辨》、《洪范正论》对汉儒也多有批评。总之，清初学术与宋明理学有着千丝万缕的联系。也就是说，其学术无论是争王学争朱学，还是主张王学与朱学兼采，以及考据辨伪，都未脱离宋明理学的窠臼。章太炎论及清初诸儒时就指出，他们虽“皆硕儒，然草创未精博，时糅杂元明谰言。其成学著系统者，自乾隆朝始”（《检论》卷四，《清儒》）。因此，把清初学术与宋明理学完全割裂开来，并简单地概括为反理学，是不准确也不全面的。
