“高等中医药教育能否迅速培养出一大批具有创新精神和创新能力的高素质中医药专业人才，在竞争中立于不败之地并求得发展，不仅关系到中医药事业的存亡，也关系到民族文化的兴衰。”南京中医药大学党委书记左言富的这席话点出了中医药院校培养创新人才的紧迫性。南京中医药大学多年来在人才培养和教学上进行了多方面
创新以育人为本
“中医药创新人才应该具备‘四统一’的特征，即医德与医术的统一，理论与经验的统一，继承与批判的统一，务实与风险意识的统一”，南京中医药大学副校长吴勉华谈到学校应该培养何种创新人才时这样说。
为把学生培养成综合素质高、适应时代发展需要的新型人才，从1996年开始，南中医先后与南京大学、南京师范大学、悉尼大学联办了七年制中医学、外向型针灸推拿人才、计算机与电子商务班等。在人才培养模式上，南中医从1999年在国内中医药大学中首家推行了本科生导师制，在现有学生中选择20%具备特别发展潜力的学生，由每名导师带2―3名学生，为他们量身定做培养方案。此外，为提高人才培养质量，学校在研究生培养中实行中期考核不合格淘汰制及优秀硕士研究生提前攻读博士等多项制度。
为了能把学生培养成真正的“四统一”人才，南中医实行了大学生素质证书。“大学生涯，人生旅途之金色年华；拓展素质，厚积薄发于悠悠岁月。”南京中医药大学校长项平在谈到实行素质证书的必要性时说。证书中包括学生入学档案、专业学习成绩、辅修其他专业情况、奖惩情况、参加党团活动及政治学习情况、主要爱好与特长等。
创新以质量为重
南京中医药大学党委书记黄成惠说，教学质量是学校的“生命线”，学校在发展中紧紧抓住这条“生命线”，注重实践能力培养，努力培养适应现代化需要的中医药人才。
教学质量自查活动是该校抓质量的一项重要举措。在活动中，学校加强教学过程管理，通过执行教学规章制度、实行教师任课资格制度、教师试讲制度等确保教学环节的质量。同时，学校还采取了专家听课、评教评学、教学督导制度、加强教师队伍建设等举措进一步保障教学质量。
高素质的教师是良好教学质量的保证，也是人才培养中至关重要的一个环节。学校现有国家级、省级名中医115名，博士生导师数量在全国中医药大学中名列三甲。为了充分利用这一雄厚的师资力量，南中医实施了教授、副教授100%上本科教学第一线制度，确保了本科教学质量。此外，学校还引进“外援”来增强师资队伍建设，并聘请了行业主管部门负责人、资深专家、其他高校专业教师等近千人为学校的专业课程教师。
创新以教学为先
在“无”中建“有”，在“有”中创新，这是南京中医药大学一位教授对学校多年来教学建设和探索步伐的评价。学校的第一任校长吴贻谷谈起建校初期的情形依然唏嘘不已，在没有教材的情况下，老师只能边写教材边教学。经过两年的教学经验累积，学校编写出了建国后高等中医药学的首批教材《中医学概论》和《中药学概论》。至今，学校编写的教材著作已逾百册。
为把教学的重要性贯彻到方方面面，学校围绕“转变教育思想观念、深化教育教学改革，提高人才培养质量”在全校范围内开展了教育思想大讨论，校长亲自作动员，还聘请了校外专家举行专题讲座。通过观念的改变，推动教学管理体制、教学内容和课程体系、教学方法的改革和创新，在课堂教学方法上，启发式、讨论式、自学式、PBL 以问题为中心 等教学方法纷纷得到了充分应用。
为进一步加强对老专业的内涵建设，拓展新专业，学校几次修订教学计划，精简课时和课程门类，增设文学素质选修课程门类，扩大实践课时的比例，提高学生实践和动手能力。此外，学校还改革了考试内容和形式，成立了南京中医药大学教学督导室。
