原北京大学与原北京医科大学曾经是一所高校。2000年，它们再度合并。
合并之前，两校已经分别在教育部、卫生部的领导下经过了50个春秋，在管理体制和运行机制等方面都形成了各自的结构性特征。北京大学校务委员会主任闵维方分析道：“新组建的北京大学必需积极稳妥地推进组织结构和运行机制的改革，按照社
事实上，在合并之前的1994年，北大生命科学学院就同北医的相关专业开始联合办学试验的合作。次年，北大与北医就在不改变原有投资体系和管理体制的基础上，签署了联合办学协议：实行教师互聘，学生相互选课，联合试办长学制的医学班，共建一批学科群，联合组织国际学术研讨会，图书资料共享……
合并后的2002年，北京大学医学长学制班首次招生，临床医学、基础医学、口腔医学专业的八年制的学生先在校本部完成2年宽口径厚基础的大学基础教育，包括生物、化学、数学等理科基础训练以及公共英语课后，在医学部本部进行为期2年的基础医学教育，然后在临床医学院即附属医院进行4年的临床医学教育，将长学制的教学计划完全纳入大学整体的教学轨道。另一方面，北大本部哲学系、心理系、法学院专门为医学部学生开设了《法学概论》、《伦理学导论》、《普通心理学》等通选课，并与医学专家共同探讨开设适合医学生的人文课程《医学创新与发展概论》，医学部至今已有4402人次选修了包括以上课程在内的北大的通选课。医学长学制班学生至今已招收了三届901人，在各省很受考生欢迎，考生入学分数逐年提高。此外，医学部的老师也通过通选课的平台向全校同学普及医药卫生及医学史的基础知识，医学部钮文异、张大庆等老师也为全校同学开设了《医学发展概论》、《健康的生活方式与健康传播》、《医学史：西方医学传统》等课程。信息、经济学院等来自学校许多其他院系的同学都选修了这些课程，获益良多。
2004年，北京大学第一批“生物医学工程”跨学科研究生班硕士研究生毕业，标志着北大跨学科研究生培养取得阶段性成果。这期毕业的“生物信息学研究生班”以数、理、化知识为基础，将计算机和信息科学方法运用到生命科学，尤其是分子生物学研究中的重大学科交叉前沿研究方向,是基因组研究的一个重要支撑。而据有关专家预计，若干年内，集生物学与计算机学二者之优的生物信息学人才将成为国际国内最紧缺的人才类型之一。
这一培养模式正是北大医学发展规划的重要体现，学校鼓励不同学科的教师联合开设交叉学科课程，鼓励导师招收不同学科的研究生，互听课程、互选课题，在培养跨学科新型人才的同时，促进学科的发展，促进原创性重大科学研究成果的产生。五年来，北大整合医学（药学）、生命科学、化学、数学、物理学、计算机与信息科学等多学科的人才优势，依托校内生物医学跨学科研究中心、生物信息学中心、人类疾病基因研究中心、理论计算生物学中心、非线性科学及生物技术实验室等，组织跨学科科研和教学力量，在国内率先开展这一领域的研究生培养。通过合并，北大和北医都得到了延伸。校本部的优势学科（理学部、信息与工程学部的有关学科）与医学部的强势学科交融，具有国内领先的综合学科优势，为开展生物医学工程跨学科研究和人才培养提供了强有力的基础。北京大学理学部、信息与工程学部和医学部相互合作，推动了生物医学工程科学研究的迅速发展，研究方向涉及生物芯片、医学成像及图像处理、计算机辅助诊断与手术、生物力学、生物医用材料、基因序列识别、药物控释和输送技术等领域。北京大学成为一所拥有自然科学、技术科学、新型工程科学以及人文科学、社会科学、管理科学、教育科学、医药科学和语言科学等多种学科的新型综合性大学。
跨学科的发展战略很快在科研领域实现突破：例如，根据目前国际科学研究的主要方向和动态，2000年12月，北京大学成立“北京大学生物医学跨学科研究中心”，旨在推动北京大学医学部的医学、药学等学科与校本部理科、应用学科、文科与社会科学之间的有机交叉，将基础、应用和临床科学的前沿研究结合在一起，促进整个生物医学领域从分子尺度到人类器官尺度的新发明、新发现与技术创新，中心的目标和宗旨就是支持前沿和创新的项目。学校通过跨学科研究中心集中不同学科专家的智慧，以促进学科的交叉和渗透，促进生物医学领域重大基本问题取得突破。生物医学跨学科研究中心组织项目的目标分两个层次，一类是目标明确的应用研究，即应用理科、工程学科或社会科学的知识或技术，解决医学尤其是临床医学中的实际问题，强调创新性，力争创立国内外没有的、先进的诊断或治疗技术。另一类是更深一层次的项目，即力争在重大理论或基本技术方面取得原始创新性的、突破性的进展。例如单分子生物学与纳米生物医学的研究，仿生学研究等。中心利用学校985建设经费，共启动了21个跨学科研究项目，有力促进校本部和医学部学科的交叉与融合，探索出不同学科联合进行重大科学问题研究的有效途径。大部分启动项目进展顺利，合作学科之间建立起经常性的联系，形成学科新的生长点。在生物―心理―社会医学这一跨学科研究教育模式的总体指导下，五年来，从开始简单的物理变化，到现在有机融合的化学变化，新的北京大学正在逐渐加大1＋1＞2的这个计算式的效益结果。
