所谓“祖制”，指的是古代王朝开国皇帝制定的一套制度规范和言行准则，既约束皇室成员，又限定朝廷内外，并成为后世各朝处理、决断事情的依据。在中国历史上，明代的祖制最具特点，对王朝的影响也最大。
朱元璋建立明朝之后，精心设计了一整套制度法令，其目的无非是要按照他自己的意志，建立一个有秩序的、稳定的社会，以确保其子孙后代的长治久安。集中反映明代祖制的《皇明祖训》、《太祖宝训》等涵盖的内容很广，大凡从制度法令到机构设置、从守成皇帝的基本言行到百官的行为规范、从后宫的操守到皇室内部君、王之间的关系处理，从树立皇帝的威严到皇室成员所应受到的尊重等等，都作了十分具体而细致的规定。其中始终贯穿着一条主线，就是维护朱姓的利益，树立皇帝至高无上的权威，并以此为中心建构权力运作和制衡网络。祖训中，朱元璋常用“要”、“不可”等类词汇表达其具体要求，并屡屡强调，如有冒犯或意欲改变祖制的臣子，“将犯人凌迟，全家处死”，反映出其维护祖训的强烈欲望和严酷态度。不难发现，祖训严厉之处，多是朱元璋总结出来的前代之失和他感到不利于后世帝王统治之处。作为开国皇帝，朱元璋精明而强干，十分善于吸取前代的历史教训，所以他一方面以自身的能力和观念要求朱家的后世皇帝，另一方面，惩历代王朝之失，最终通过祖制的形式，给后代编制了一张保护网。这张保护网不可谓不严密、不周全，大凡宫中各种身分都有限定，朝中各个重要衙门则使其“彼此颉颃”，互相牵制，“事皆朝廷总之”，以确保皇帝地位“稳当”。对于自己的子孙，朱元璋不厌其烦地加以训诫，事无巨细，几近叨絮，苦心孤诣可见一斑。
朱元璋祖制中透露出两大特点，一是防范之心，他屡屡告诫子孙在各个方面要倍加防范；二是专断、保守，朱元璋一再强调所立祖制是不能更改的。由于朱元璋防范心重，制度建设上，在“事皆朝廷总之”的前提下，着意于权力制衡的设计，废除沿袭一千多年的丞相制度，将丞相的权力分置各部，朝廷上的六部、五军都督府、都察院等重要职能部门互不统属，而后来崛起的内阁由于明初确立了“备顾问”的性质，所以即便在其权势熏天的时候，由于不具名分，同样无法统属全局。如此，虽然一定程度实现了朱元璋的权力制衡的目的，但却造成了明朝中央责任不明、权限不清的状况。各部门在谨守“祖制”的状况下，各安其份，不敢逾越雷池，缺乏创新精神，毫无生气、魄力，最终形成了一种既墨守成规又相互制约的局面。明代历史上，部门之间推诿、观望和官员群体谨慎、保守等各种不良现象随时随处可见。朝廷如此，地方政府也是如此，权力上的互相制约和保守格局，致使地方布政使、按察使、都指挥使虽职责分明，但遇重大事件则多缺乏权威决断。
相同的问题同样出现在明代历朝皇帝身上。朱元璋在“祖制”设计时，权力的制衡同样涉及皇帝。朱元璋的初衷当然是出于对以皇帝为核心的整个权力体系稳定的维护，避免子孙皇帝过于玩弄权术，危及朱明王朝的长治久安。然而，朱元璋没有考虑到对于皇帝的约束在不同的个体身上具有不同的意义。朱元璋精明强干，能力过人，自然可以很好地运用权力制衡达到最终的集权，然而，明代皇帝在太祖朱元璋、成祖朱棣之后，多是平庸之辈，不仅无力掌控权力制衡，反而陷身于“祖制”设定的权力网络之中。“祖制”成为朱明后代皇帝的重重束缚，终致他们形成种种畸形人格和极端的言行方式，诸多皇帝表现出与“祖制”相悖的、与皇帝角色不符的言行举动。如明武宗四处巡幸，扮演各种身分，疏于政务，游戏国事；明世宗长年不上朝，沉溺道教青词，无视天下灾异；明神宗沉溺酒色才气，打击报复大臣，嗜财如命，深居内宫，荒政怠政；明熹宗沉溺游戏与玩耍，醉心于泥、瓦、木、漆匠活，乐此不疲，致使大权旁落。应该说，这些皇帝的各种失范表现的导因不尽相同，但有一个共同的原因就是“祖制”束缚太严。“祖制”的严厉约束，使得那些守成皇帝产生了严重的逆反心理，或率性而行，或极端行事。这种情况，我们从明代各位“问题皇帝”对那些用“祖制”批评、谏诤其失范行为的大臣进行严厉排斥、打击的情况，也可以强烈地感受出来。
由于“祖制”具有强烈的利益目标，缺乏开放的心态，客观上限制了皇帝、官员的随时变通、与时俱进。严守祖训的明代君臣们处处受到祖制的羁绊，用人委以老成，因循旧章，反对任何程度、任何形式的修改和调整，有明一代几乎没有进行过大刀阔斧的激进改革便是极好的例证。在一些重大问题的争执中，人们总是援引祖制，最终造成固守成例、不敢进取，或走向极端、偏执行事的局面。皇帝、百官皆不能审时度势、因时制宜，不能根据社会的变化进行适度的变通，朝廷上下缺乏生气，致使明朝成为一个进取不足的王朝。
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