但是，随着高等教育改革的逐步深入，民族院校的特色问题受到的挑战日益突出。如何在传统与发展之间寻求一种平衡，在改革中不断积累优势，巩固自身已有的并形成新的特色，对民族院校来说，已是迫在眉睫的课题。尽管我国各民族院校情况不尽相同，但继承和拓展新特色，各民族院校所共同遵循的原则、营造的环境、建立的保障机制等等却是相同的。
第一、坚持以培养少数民族人才为中心，把握办学的方向性。办学方向是一所高校办学宗旨的核心内容，确立办学方向，就是要明确学校为谁培养人才，培养什么样的人才这样一个根本问题。坚持为少数民族培养人才服务，为少数民族地区经济与社会发展服务的办学方向，一直都是民族院校办学宗旨的核心内容。正是坚持了这一办学方向不动摇，民族院校在50多年的办学历程中才得以生存，并不断发展壮大。这是民族院校最大的、最为根本的特色。民族地区的发展现状、民族院校的使命、民族高等教育以及民族工作的规律决定了民族院校必须以少数民族学生为主要教育对象，要继续成为少数民族和民族地区人才培养的后方基地。坚持以培养少数民族人才为中心，把握办学的方向性，就是要确保少数民族学生“进得来，学得实，回得去，干得好”。
第二、调整专业结构和层次结构，增强对民族地区的适应性。学科专业是民族院校的一项基本建设，是事关民族院校服务方向、人才培养质量的全局性问题。合格人才的培养，是在各个种类、各个规格的专业模式中实现的。高等教育的层次结构在很大程度上是由国民经济的技术结构所决定的，反映了社会分工的纵断面。不同时期的国民经济结构对专门人才的数量以及层次比例有不同的要求，因而影响甚至决定了高等教育各层次的比例结构。民族地区所需人才的种类、数量和质量决定着民族院校人才培养的种类、数量和层次，决定着民族院校专业结构和层次结构调整的基本方向。因此，民族院校专业结构和层次结构的调整必须以民族地区的经济结构、产业结构、技术结构、资源优势及发展趋势为依据，并力求体现服务区域的民族性、地区性和多层次性的基本要求和特点。
第三、建设高水平的多民族师资队伍，确保人才培养基础工程的稳固性。民族院校通过多年的努力，师资队伍建设无论在增加数量、提升质量、规范管理、改善环境等方面都取得了巨大成效，但整体上仍不同程度地存在着总体数量不足、少数民族教师比例偏小、年龄结构不够优化、平均学历偏低、职称结构失调、知识结构偏窄、高水平的学科带头人奇缺等问题。特别是近年来，随着高校招生规模的不断扩大，紧随“生源大战”其后且更为激烈的“师资大战”序幕的拉开，民族院校面临着高水平教师“引进难”和“留住难”的双重压力，致使民族院校师资队伍建设的任务十分紧迫。建设高水平的多民族师资队伍，必须从战略思想、环境建设、管理体制等方面着手。要从战略高度审视民族院校师资队伍建设的意义，优化环境，突出教师在教职工中的中心地位、教育中的主导地位、分配中的优先地位；大力实施人才强校战略，积极推进教师管理制度创新；加大教师培养力度，努力提高教师素质，建立科学的激励机制，制定严格的考核监督机制，营造良好的舆论氛围等。
第四、加强科学研究工作，发挥民族院校服务职能的综合性。民族地区的贫困与落后，说到底是科学技术第一生产力的落后。如何加强科学研究，强化民族院校为民族地区综合服务的职能，发展民族地区科技生产力，使民族地区摆脱贫困、走向富裕，是摆在民族院校面前的一项紧迫而艰巨的任务。一是要提高认识，使教职员工认识到民族院校的科研工作是全国高等教育系统科研工作的重要组成部分，是民族工作的重要内容之一，是民族院校自身改革与发展的强劲动力。要牢固树立民族院校全面的职能观、主动适应观和整体服务观，促进科学研究与民族地区经济建设的紧密结合。二是要明确主攻方向，合理安排基础研究、应用研究、开发研究，合理部署科研力量，集中主要力量进入民族地区经济建设主战场，推出一批先进适用的科研成果，在转化上狠下功夫。要重视少数民族贫困地区的科技扶贫工作，重视人文社会科学、软科学研究，解决民族地区小康社会建设所提出的理论和实际问题。
第五、构建保障体系，力求民族院校发挥特色的实效性。一是要给予民族院校一定的特殊倾斜政策。民族院校的根本特色在于其办学宗旨的特定性、培养对象的专门性、民族团结的象征性和民族文化的凝聚性。在社会主义市场经济条件下，在民族地区经济相对还很落后，民族院校自我发展能力和参与社会竞争能力还十分有限的情况下，要使民族院校的办学规模和速度不断加快、办学质量和科研水平稳步提高、综合化发展长足进步、办学特色有效发挥，需要国家给予多方面的倾斜政策，尤其是要在经费上予以保证。二是要努力构建民族院校的法律保障体系。民族院校在50多年的发展历程中，积累了一些宝贵的经验，主要有：党和政府的高度重视、大力支持是民族院校得以发展壮大的根本保证；坚持为国家的民族工作服务，为少数民族和民族地区的经济建设和社会发展服务是民族院校的办学宗旨和发展动力；坚持实事求是，从实际出发，努力办出自己的特色，形成自己的优势，是民族院校得以发展的关键。当前民族院校面临着诸多困难和问题，要走出困境，加快发展，除了需要党和国家制定出相应的特殊政策，以进一步扩大民族院校的办学自主权、加强民族院校师资队伍建设、对少数民族学生实行特殊照顾外，在认真贯彻落实我国《民族区域自治法》、《教育法》、《教师法》和《高等教育法》的基础上，建议加强民族教育立法工作，出台《民族院校法》，这也是民族院校几十年历史经验的总结和未来发展的根本保证。此外，民族院校的主管部门要对民族院校进行科学规划，合理分工，分类指导，更有效地发挥民族院校系统整体效益和功能。（作者单位：中南民族大学）
