南京长江大桥如同一把千年铁锁，把大船挡在了桥下。
国家先后投资数十亿元在芜湖、安庆、九江、武汉、城陵矶、重庆等港口建成的数十座5000吨级外贸码头和集装箱码头，由于巨轮无法通过南京长江大桥而基本闲置。2002年，到达南京市以上港口的船舶占长江船舶总数的4％，载货量仅为1.4％。“你要知道，南京市以上的江段才是长江真正的主干线。”长江重庆市航道局行政管理处处长雷时九不无忧虑地告诉记者。
有专家直接提出应拆除南京长江大桥。
但原国家计委认为，南京长江大桥上的铁路、公路承担的运输任务都十分繁重，中断其运输的后果难以设想；另一方面，光拆除和新建费用估计就需要150亿元至180亿元。中国国际工程咨询公司评估后也认为，拆除南京长江大桥另建新桥的必要性和可行性不够充分。
问题还在进一步恶化，因为长江正刮着一股强大的建桥风，未来10年内已建、在建和拟建的长江大桥将突破60座，更多新建长江大桥的净空，均“将错就错”地比照南京长江大桥24米的净空高度建设。一位在长江航运战线奋斗了一辈子的老同志痛心地说：“照这样下去，等于给黄金水道判了死刑。”（《中国商报》2003.8.26）
