在2002年被审计的6O个中央部门中，有23个部门未按规定细化预算或预算编制不完整；12个部门擅自调整预算项目及其金额。中央部门所属的二、三级单位隐瞒收入、私设账外账等问题金额就高达37亿元。其中仅从中国气象局及其直属18个二级单位中就查处违规违纪金额2.29亿元。一些单位甚至编造虚假项目，骗取财政资金。
由于1998年国务院各部委机构大改革，随着一些部委的撤销和合并，此前已经下拨给这些相关部委的预算资金却没有及时做出处理。高校被划拨给地方或教育部直接管理后，仍然有相当部分的高校预算拨款被结存在原来的主管部委手中，结存资金有的部委达一个亿，有的部委则可能达几十亿甚至上百亿元。一些部门违反规定，将其变成了部门的小金库，或者私自对外投资，或者变相为职工作为福利发放。
这次审计的一个重点是，中央部门公务用车费用开支及管理情况的专项审计。经过改革，多数部委的人数已经得到大幅精简，但公务用车的数量和质量却不降反升。有人预言，“一场前所未有的公车革命即将开始。”（《21世纪经济报道》2003.9.22）
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