机械工业经济管理研究院刘建一教授曾参与成思危领导的“中国事业单位改革”课题的研究。他认为，转制比较成功的是有专项技术优势的那部分科研院所，而一些基础研究机构、社会科学研究机构以及一些后勤单位转制则很困难。当时一些企业在接受科研院所时“嫌贫爱富”，一些从事基础性研究的研究院所很难找到合适的“婆家”。此外，转制事业单位职工基本社保仍无法落实，专业技术人员流失严重等问题也很突出。
这242家科研机构改革只不过是庞大的事业单位改革的冰山一角。刘建一等专家把事业单位面临的困境总结为如下几个方面：
管理体制不顺，缺乏活力 长期以来，人们把事业单位看成是政府行政部门的附属物，事业单位多由各级政府主办，政事合一，导致政事职责不清，机构重叠，关系不顺。与此同时，政府各部门对事业单位管得过多过细，管理方式和手段单一，政府包揽抑制了多渠道办事业。
财政负担沉重，面临生存困境 财政供应资金大多被“人头”吃掉，事业单位普遍只有“吃饭钱”，没有“干活钱”，个别事业单位甚至“吃饭钱”也远远不足。
布局结构不合理，资源浪费严重 由于部门分割、地区分割、学科分割、军民分割，各自都力求形成“大而全”、“小而全”的封闭体系，导致事业单位布局分散，低水平重复，形不成规模效益。
人员流动困难，人才闲置浪费情况严重 据国家科委的抽样调查，在1033万专业技术人员（含中小学教师）中，能够在工作中发挥全部能力的人员只占14.6％，估计有344万专业人员处于闲置状态，有30％的人基本不能发挥作用。
运行机制不适应市场经济的要求 由于产权关系没有理顺，事业单位的举办者、管理者和事业单位本身之间权责不清，导致事业单位的运行机制滞后于市场经济的发展需要；与之匹配的事业单位内部管理机制，包括领导体制、组织结构、人事制度、分配制度等也存在诸多问题，导致事业单位机构臃肿，人浮于事，效率低下。
事业发展与经济建设相脱节 研究开发重理论轻实践，重学术轻应用，重成果轻推广，科研成果不能尽快转化为生产力。
专家认为，改革如果仅局限在事业单位内部显然是不够的，必须有综合配套改革，尤其是经费管理体制上的改革。（《中国经济时报》2003.9.24）
