北大红楼建成于1918年，本来是作学生宿舍，建成后成为北大文学院的所在，即北大一院。自蔡元培任北京大学校长，陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、刘半农等新文化的倡导者和传播者齐集红楼，红楼一时成为新文化运动的大本营。1919年5月4日，爱国学生就是从红楼走向天安门，掀起了五四爱国运动。正是这座曾孕育过五四新
据周作人回忆：“北平沦陷之后，民国二十七年（1938）春天，日本宪兵队想要北大第二院做它的本部，直接通知第二院，要他们三天之内搬家。留守那里的事务员弄得没有办法，便来找那‘留平教授’，马幼渔是不出来的，于是找到我和冯汉叔。但是我们又有什么办法呢？走到第二院去一看，碰见汉叔已在那里，我们略一商量，觉得要想挡驾只有去找汤尔和，说明理学院因为仪器的关系不能轻易移动，至于能否有效，那只有临时再看了。由我起草写了一封公函，由汉叔送往汤尔和的家里。当天晚上得到汤尔和的电话，说挡驾总算成功了，只是可惜牺牲了第一院给予宪兵队，但那里只积存了文科讲义之类的东西，散佚了也不十分可惜。”
自从红楼成为日本宪兵本部后，楼内的地下室成了宪兵队本部“留置场”（拘留所），许多爱国志士被关押在这里，遭受非人迫害。根据曾经被关押者的回忆，地下室甬道两边全是狭小的单间屋。靠西头的两排约14间囚室，全部改为木栅门，称为笼子。往东是刑讯室。看守所东西头各一门，入夕则锁之，看守的宪兵分班轮值，日夜巡逻。
曾被关押于红楼的燕京大学、辅仁大学教授有张东荪、邓之诚、洪煨莲、蔡一鄂、陈其因、侯仁之、伏开鹏、蓝公武等。燕大、辅大被捕教授因为在国内外都很著名，日本宪兵队慑于影响没有对他们用刑。但他们在被囚期间依然备受虐待凌辱。侯仁之曾经回忆到，他从天津被押解回京，在北平前门火车站下车后送到这里，未经任何审讯，就被押入地下室的一间牢房。当时，在押的燕大师生20余人均分别住在同一过道的不同牢号之中。每天下午，各牢号各出两人，由日本宪兵押着抬起恭桶到楼外厕所倾倒粪便。夜间，日本宪兵严刑逼供的审讯声、拷打声、犯人呼叫声不绝于耳，令人毛骨悚然。邓之诚记述他亲身见闻说：“宪兵队审讯时，无不用刑求者，有扑责，有批颊，有拶指，有水淋口鼻，有灌水。灌水引犯者至浴室中强饮满腹，以足蹈腹，水从耳鼻口中激射而出，最为惨苦，往往有致死者。闻尚有重刑逾于灌水者，又闻有电机磨人，毫发齿骨、血肉肌肤皆成液质，实惨不忍闻。宪兵队用刑，分队尤严，往往夜间被刑者哀呼凄厉，使人心胆俱碎。”
即便不受日本人的酷刑，红楼地下牢房内的生活也极为艰难，到隆冬时节，天寒地冻，地下室内根本就没有炉火等取暖措施，人人都冻极而僵。每日也只提供两餐，每餐每人仅给两个窝头，一碗汤，一杯茶而已，全是残羹冷饭，根本吃不饱。由于狱中营养和卫生条件太差，因此在狱中传染斑疹、伤寒的人特别多，西侧囚室里死者达到数十人。燕大教授们也大多病倒，即便幸而未死，也个个骨瘦如柴，几无人状。
1943年，北大红楼被交还给当时的伪北大。倡导自由民主的北大红楼在被日本军队占领期间，居然成了关押、残害中国人的人间地狱，更拘留了传播新知、教授文明的师生，这是北大红楼在近百年风雨中经历的最大摧残。（《纵横》2006年第2期）
