不认罪
1956年6月，孙冶方在《经济研究》杂志上发表《把计划和统计放在价值规律的基础上》一文，提出了社会主义的生产也可以由
1964年，随着国民经济渐渐从三年大饥荒的低谷中恢复过来，在理论界出现一股重新认识价值规律的思潮，而它的发生中心就在中科院的经济研究所。
开头炮的是中国共产党的早期最高领导人之一张闻天，他鲜明地提出了新价值规律――积极倡导在社会主义社会中搞自由竞争。其他思考者纷纷发表论文，聚焦于生产和流通领域的计划性弊端，市场和价格的自由化。
进入秋天，这股市场化的思潮受到了批判。在这一过程中，孙冶方被锁定为最主要的批判对象。在过去的几年里，孙冶方不但保护了顾准、张闻天等人，还先后写作了20多篇论文，论述计划经济与价值规律的关系。
1964年10月，陈伯达和康生派出70人组成的工作队进驻经济所，以“张（闻天）、孙（冶方）反党联盟”的罪名对孙冶方进行批斗。孙冶方被批判的观点主要有两个，一是反对无产阶级国家统一管理经济，主张企业独立自治；二是反对按社会需要调节生产，主张以利润调节生产。因此，孙冶方的经济观点的实质就是“使社会主义和平演变为资本主义，是彻头彻尾的修正主义理论”，他被判定是“中国最大的修正主义者”，撤销党内外一切职务，每天打扫厕所，刷洗痰盂，在其后的一年内被批判39场。
孙冶方因此成为新中国成立后第一个被公开点名批斗的著名经济学家。这个倔强的苏南人却不肯低头认罪。他写出了一份又一份的检查材料，进一步清晰地阐述自己的观点，工作组对他的评价是，“抗拒党和群众对他的原则批评，态度十分骄横”。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山县周口店公社大韩继大队进行劳动改造。1968年4月，他被正式逮捕，在秦城监狱关押整整7年。
不改志
1975年4月，孙冶方突然被宣布“刑满释放”。回到经济研究所，他对人们说，“我是一不改志，二不改行，三不改变观点。”当时，中科院哲学社会学学部的领导仍是江青的亲信迟群，孙却毫不在意。上面让他写检讨反省材料，他挥笔道，“个人恩怨我从不计较，理论上的是非一定要弄清楚，符合真理的观点一个也不放弃。”
这时的孙冶方身体已经衰弱之极，肝区和胃部都患有重疾，他内心最大的愿望，是在有生之年，完成那部“流产”了的《社会主义经济论》。他对吴敬琏说，关于这部书稿，他在秦城监狱里已经打了58遍腹稿。
1979年，孙冶方住进协和医院，年底动了一个大手术。孙冶方虚弱已极，他向中科院经济所提出申请，点名几个熟悉他的理论的学者来协助他，以尽快把那本酝酿了十多年的《社会主义经济论》写出来。很快，由吴敬琏和张卓元负责的七人写作小组成立。
然而，由于孙氏理论存在巨大的、难以自圆其说的内在矛盾，《社会主义经济论》的创作成为一项不可能完成的任务。
不传谬
1982年12月9日，他亲笔写下遗嘱，“我死后，我的尸体交医院做医学解剖，不举行遗体告别仪式，不留骨灰，不开追悼会。但不反对经济所的老同事，对我的经济学观点，举行一次评论会或批判会，对于大家认为正确的观点，希望广为宣传；但同时对于那些片面的以至错误的观点，也希望不客气地加以批判，以免贻误社会”。
（《扬子晚报》1.7 吴晓波文）
