灾区情况不明
中国救援队是最早到达印尼班达亚齐的国际救援队之一，与联合国现场协调官员同一天抵达灾区。当时，由于亚齐省的灾情太过严重，基础设施在海啸中严重被毁，电力、交通、通信都几乎完全中断。救援队遇到的最大困难是灾区情况不明：伤亡情况如何？
中国国际救援队马上派出灾害评估专家到灾区现场考察；同时派出医疗分队到机场为灾民巡诊，派出联络人员同各国救援队探讨合作救援的方式，救援在第二天就全面展开。
卫生环境恶劣
海啸过后，灾区很多地方变成沼泽。当地气温高达30多摄氏度，经常下雨，无法及时处理的遗体高度腐烂，散发的味道让人难以呼吸。
“只有先保护好自己，才能去救助别人”成为中国国际救援队的救援理念。队员们每天执行完救援任务回到营地，都要将穿过的衣物、使用过的设备、器材进行消毒，对暴露在外的皮肤用消毒纸巾擦拭。队内每天还给大家发放维生素、营养粉，帮助队员提高免疫力。
外出巡诊的队员为防病毒感染，一天只吃一顿饭。
缺乏交通工具
在联合国有关机构的安排下，救援队营地设在班达亚齐机场，要找到去市区和灾民点的车辆并不容易。医疗小组去灾民点，往往要站在烈日下拦很长时间的车。更多的时候，队员们很难搭到顺风车，就需要花钱搭当地的“出租车”，即三轮蹦蹦车，用两轮摩托车改装后侧面加一个挎斗，就成了出租车。
交流沟通不畅
在班达亚齐灾区，懂英语的人很少，绝大多数伤病员都不懂英语。医生和患者之间往往只能用手势和简单的英语单词沟通。为此，中国救援队积极寻找既懂英语又懂当地语言的志愿者作翻译。
天气变化无常
班达亚齐地处热带，三面环海，属热带雨林气候，又时值雨季。变化无常的天气给队员们带来很多烦恼：白天战高温、斗酷暑，连续奋战；晚上要忍湿热、驱蚊蝇、备物品，直至午夜。
队员们出门巡诊时，为能多诊治一些灾民，都尽可能多带药品，很少带雨具。一天被淋一两次已经是“家常便饭”。
后勤补给不易
救援队在棉兰转机期间，由于要先把医疗物资带往灾区，一大批食物和水没能随机运走，只能雇用当地的货车送往班达亚齐。按照约定，货车应在救援队抵达灾区12个小时后运到，但40多个小时后，货车还没有到达，且失去了联系。就在救援队不抱希望、开始积极寻找其他补给渠道的时候，货车抵达了大本营。讲信用的司机对记者说：“你们是来帮助我们的，虽然路况很差，又有很多波折，我一定要把食物送到，让你们能安心地救灾！”（《人民日报》1.10赵亚辉文）
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