1941年，5个“北京人”头盖骨神秘失踪。后世研究者提出了多种假设。其中，有人认为这些头盖骨已随日舰“阿波丸”在1945年4月1日沉没于福建省牛山岛以东海域。新近出版的《双X档案――“北京人”失踪和“阿波丸”沉没》为此说提供了不少原始资料和证据。
20年来，该书作者李树喜跑遍了国内外许多档案馆和资
“内部情报资料
译文第6页推测阿波丸装的40箱物品中可能包括古代‘北京人’化石……”
最后接触“北京人”标本的弗利也多次说“北京人”有装上轮船沉入大海的可能。
如果日本人真的在1941年便得到了“北京人”化石，为什么不将化石直接送到日本，而会转运到东南亚一带，并一直等到1945年才装上“阿波丸”运往日本呢？对此问题，李树喜的解释是，随着日军的目光渐次南移，很有可能将掠夺的中国内地的珍宝器物转运到中国南方，或运到东南亚，而后再运往日本本土。一个类似的例子是，日军在南京抢夺的3000册善本图书就没有经由南京、上海运回日本，而是辗转南下，运到香港，以后再运到东京的。（《人民日报・海外版》10.26）
