1937年抗战爆发，时任清华大学法学院院长、经济系主任的陈岱孙教授应邀到庐山参加了讨论时局的会议，会后回到天津，铁路交通中断，直到平津地区全部沦陷，两地通车后才回到北平。由于无法出城，清华大学校务会议在北平城内开会，商定将清华大学迁往长沙，并派陈岱孙立即前往南京接洽迁校事务。他遵照会议决定于次日
1938年武汉告急，临时大学迁往昆明。陈岱孙和朱自清、冯友兰、沈有鼎、郑昕、钱穆等教授一起，乘包雇的长途汽车，经桂林、南宁入越南，到同登坐滇越铁路火车到昆明。途中，陈岱孙受筹委会委托，向广西省当局解释临大何以不能迁到广西的原因，并向他们表示谢意。
1938年4月临大改名西南联大。在昆明因校舍不够分配，文学院和法商学院只好暂时设在滇南的蒙自。陈先生担任经济学系教授和系主任，并兼任联大蒙自分校校务委员及教务分处主任。陈先生又奉派召集图书及理工设备两个设计委员会和各系主任，开联席会议，拟定联大下学期图书及仪器的设置计划。
在昆明，联大设计了一批楼房作为校舍，可是由于通货恶性膨胀，等到动工兴建时，经费只够盖简易的平房了。这就是后来的新校舍。陈岱孙随文学院、法商学院自蒙自迁到昆明新校舍。他除担任原职务外，还兼任商学系主任、清华法科研究所所长、清华留美公费生考选委员会委员等。1938年10月，陈岱孙教授代表联大参加西南经济调查合作委员会，并作为召集人。11月又担任一年级学生课业指导委员会委员。联大与北平图书馆为了图书合作，组织合作委员会，陈先生代表联大为该会委员。那时，联大和北平图书馆在联大西边的地坛设有中日战事史料征辑委员会，收集抗战史料。联大教授会每学年都选举陈岱孙为出席联大校务会议的教授代表。后来，他又被聘为联大图书设计委员会委员及召集人、毕业生成绩审查委员会委员等。
在西南联大，陈岱孙教授讲授的课程有：“经济学概论”、“财政学”、“经济学说史”等。他的讲课，内容精炼、讲解清楚，深受同学们的欢迎。他把教育青年看成是人生一大乐事。他十分爱护同学。1942年联大经济学系刘景丰、刘彦林、陈良璧等同学办了一个壁报《展望》，发表反独裁、争民主、争自由的文章，反动当局勒令停刊并欲开除他们。幸得陈先生仗义执言，加以保护，使他们免遭开除。
在昆明，他和李继侗、朱自清、陈福田、金岳霖等教授，住在北门街前云南都督唐继尧所建祝寿戏楼的包厢中，它距离联大新校舍只有数百米之遥，他们步行到校上课。由于物价天天上涨，每到月底，膳团买菜的钱就少得可怜。他们利用戏楼周围荒废了的花圃，开荒种菜。他们推举生物系教授李继侗作领导，生物系讲师沈同作为他的助理，其他教授参加锄地和收割。昆明四季如春，加上教授们的科学种菜，菜园获得丰收，改善了膳团的伙食。
陈先生在西南联大除教课之外，还在大后方的各大报刊上发表不少论文，对战时经济建设和经济政策等问题提出自己的观点和建议。仅在昆明《今日评论》杂志上，他就撰写有《培植我们的经济力量》、《战时经济建设的几个原则》、《法币汇价问题》、《抗战中的经济政策》、《法币汇价问题申论》、《政治经济化》、《通货膨胀性质的一斑》、《经济统制的礁石》等文章，还有一批为《今日评论》专栏撰写的《时评》短文。
抗战胜利后，陈岱孙教授赞同中国共产党的政治主张，反对国民党反动派的独裁统治，同情广大学生的爱国民主运动。1945年8月蒋介石电邀毛主席赴重庆谈判。10月1日陈岱孙和张奚若、周炳琳、朱自清、李继侗、吴之椿、陈序经、闻一多、汤用彤、钱端升等教授，联名发表《国立西南联合大学张奚若等十教授为国共商谈致蒋介石毛泽东两先生电文》，希望国共谈判取得成功，要求立即召开政治会议，成立联合政府。电文中提出，当务之急是：1.务须迅予纠正一人独揽之风。2.用人应重能，昏庸者、开倒车者，均应摒弃。3.反对军人干政。4.惩处叛国奸逆。
西南联大结束后，陈岱孙教授回到清华大学继续担任经济学系教授、系主任和法学院院长。1947年国民党政府抛出了所谓经济改革方案时，陈岱孙同周炳琳、赵?抟、陈振汉、周作仁、费孝通、杨西孟、樊弘、蒋硕杰、刘大中、秦瓒、王毓瑚、吴景超、应廉耕、徐毓?、赵人亻隽等15位教授，联名发表《我们对于“经济改革方案”之意见》，抨击国民党反动派反人民的经济政策，指出：“此方案对于过去种种错误，未尝虚心检讨，”“此方案对于目前经济危机，并无救治之能力”。
1948年底，北京解放前夕，清华经济学系刘大中教授全家赴美前劝陈先生也去美国，他加以拒绝，南京政府派飞机来接各大学的教授们，他也加以拒绝，他坚持留在清华，迎接清华园的解放和清华大学的新生。 (供稿:西南联大北京校友会)
