自2001年起，中科院知识创新工程试点工作已进入二期，即全面推进阶段。此前三年，中科院知识创新工程试点一期工作主要在研究所层面展开。各试点单位在凝练科技目标、调整体制结构、精选创新队伍和建设文化环境等方面取得了很大的成绩，为适时地将试点工作重点转移到紧密围绕国家“十五”规划，面向国家战略需求，面向世界科学前沿，组织跨所、跨学科重大科技创新战略行动奠定了坚实的基础。为此，中科院党组决定自2001年下半年起，实施中科院科技创新战略行动计划。科技创新战略行动计划是中科院知识创新工程试点工作的延续和深化。
科技创新战略行动计划的总体目标共八个：一、基本形成能够支撑我国实现第三步发展目标、至少在未来20年内保持相对稳定的科技布局，实现由以学科分类为主向国家战略需求与科技发展前沿结合的根本转变；二、面向我国经济发展和国防建设战略需求，遵循高技术研究发展和产业化规律，组织队伍进行关键技术创新和集成创新，进行管理体制和运行机制创新，解决国家战略高技术问题和实现规模产业化；三、瞄准世界科学发展前沿，结合我国中长期发展战略需求，部署若干基础研究（特别是交叉科学）的领域前沿和前瞻性方向，组织国内外优秀人才形成攻坚团队，建立相应的支持、运行和评价机制，力争做出世界一流的科学创新成果；四、围绕我国社会可持续发展相关的重大战略问题，加强与政府部门、大学和其他社会力量的联合，组织高水平、系统化的基础性研究和应用发展研究与综合示范，并为国家宏观决策提供可靠的科学依据；五、紧密结合计划的实施，通过开放联合和共建等多种形式，广泛吸纳社会资源，建设和完善重大公共性科技创新基础设施和支撑体系；六、加强科学传播和技术创新成果规模产业化，使中科院科技创新活动融入我国经济、社会发展的大循环，在社会价值链中充分实现创新成果的应
有价值；七、培养若干具有战略眼光、善于组织领导大规模科技创新活动的领衔科技帅才，一批具有较强创新能力、富有团队精神的科技创新人才，成为新一代科技队伍的核心；八、建设与中科院科技创新能力相适应的指挥系统。加强院层面的战略分析能力、系统集成能力和组织管理能力。
