目前，查杀病毒的主要方式仍然是给终端用户安装单机版的杀毒软件，对服务器端的杀毒产品过问还不多。其实在电子邮件已经成为病毒传染的最主要途径的情况下，对于政府机构和企业来讲，采用服务器端杀毒是较为经济实用的防病毒方案。
通过邮件传播的病毒攻击的对象是整个计算机网络，其破坏力和影响度都远远超过单机感染，一旦发作，后果不堪设想。如果在每个终端／桌面机采用杀毒软件的话，每个客户端都需要自己上网升级，不仅速度慢，而且效率低，常常会因为网络忙不能及时升级；而如果采用服务器端防毒，则可以实现及时更新，将病毒挡在服务器之外，既不会给网络管理员增加负担，同时又省却了每台客户端机器各自升级的麻烦。
以3R So ft In c.推出的网络商务信息系统＠MESSA－GE为例，它采用了在著名杀毒软件厂商——趋势科技的Scan－m a il API基础上开发出的杀毒产品，所有的查杀病毒操作都在服务器上进行，当用户浏览器端收发邮件附件时，会及时触发查杀病毒操作，获知所收发的邮件是否携带病毒。与网关式杀毒不同，只有当用户收发邮件时才触发服务器进行查杀病毒操作，如果在一个时间，没有人使用该邮件系统，则查毒杀毒工作暂停，一旦有人使用，则杀毒系统立即投入工作，这样就能够做到对服务器的资源占有较小。另外，病毒引擎每周还能自动更新，这就更为企业、机构的网络管理人员提供了维护上的方便。
