南水北调工程将通过跨流域调水改善水量调入区的生态环境，提高生产力，促进工业生产和人民生活水平的提高，但同时也会对各相关区域生态环境造成不同程度的影响，并进而影响到这些区域的社会经济的发展。当前，水资源紧缺、地区分布不均衡，已成为制约我国区域经济发展的主要因素，并已造成生态环境的恶化。我们应当利用实施南水北调工程的机遇，适时推动解决有关生态与环境的问题。
按照有关规划，南水北调工程分别从长江上、中、下游调水，分为南水北调西线工程、中线工程和东线工程。
南水北调东线工程从长江下游引水，基本沿京杭大运河逐级提水北上，向黄淮海平原东部供水，终点天津，供水范围涉及苏、皖、鲁、冀、津五省市。
中线工程近期从长江支流汉江的丹江口水库引水，沿伏牛山和太行山山前平原开渠输水，终点北京。远景可考虑从长江三峡水库或以下长江干流引水，增加北调水量。供水范围主要是唐白河平原和黄淮海平原的中西部。
西线工程从长江上游引水入黄河，以解决我国西北和华北部分地区干旱缺水。供水范围为青海、甘肃、宁夏、陕西、内蒙古和山西六省区。
从环境与生态的角度看，在缺水区增加水量十分必要，但是，调入区的调水规模必须适宜。生态平衡与水量平衡有密切关系。一个地区水量平衡要素，如降水、蒸发、地表水与地下水等，与生态密切相关。跨流域调水工程会引起水量平衡要素和它们对比关系的变化，在一定程度上会导致生态系统的改变。
调水对环境影响的过程，可以归纳为以下模式：跨流域调水工程会改变相关区域原来的水文情势，进而影响当地的自然环境，从而导致社会经济的变化。跨流域调水工程对环境变化的影响包括物理化学系统（如水文、土壤和地质、气候）、生物系统和社会经济系统。其中对社会经济系统的影响主要是对生产（包括工农业、航运、商业等）、社会与文化（包括移民、名胜与历史遗迹、地区间利益与损失权衡等）方面。调水的环境效应有正有负，其环境后效直接关系到工程的效果。
调水工程按地理分区可分为水量调出区、调水通过区和水量调入区。一般说来，调出区水量减少，会使引水口以下供水与河道内用水条件发生变化，影响工农业用水和导致一系列的水环境问题，由于调出区的利益受到损失，容易造成调出区与调入区的利害冲突，必须协调。调水通过区的环境影响主要发生在干渠与支渠沿线。渠道渗漏会影响所经地段的土壤与地下水的平衡。渠道与天然排水方向相交会导致阻水与干扰河系和涝的问题。在城市（工矿）地区调入大量的新水，将促进工业生产与增加生活供水。但是，废弃水也会随之增加，若不处理，往往会扩大水污染。
对南水北调工程的主要生态环境影响，可从东线、中线和西线作如下分析与评价。
东线主干渠与各主要河流平交，沿途的淮河流域又是我国目前污染最严重的地区之一，水质问题成为东线工程最主要的环境问题，应先治污后通水。
中线工程的环境影响主要涉及丹江口水库库区、汉江中下游地区及输水和用水区。经长系列调度，2020水平年，丹江口水库大坝加高后，水库中浮游生物种类组成不会发生明显变化，但总量会显著增加。对四大家鱼和其他漂流性鱼类产卵场有较大影响，而对产粘性卵鱼类的繁殖没有明显影响；加高大坝将使库区平均温度略有增加，降水量略有减少，发生滑坡、崩塌库岸的可能性略有增加，诱发地震强度不会超过构造地震水平。
对汉江中下游的研究表明，调水对汉江中下游水质变化均会带来影响，但不会构成水质类别的变化，对水体使用功能无影响，而将改善特枯流量段的水质。
西线工程的修建将对调入区带来明显有利的影响，但对调出区的工程地质环境问题应抓紧研究。
另外，东、中、西线的调水都将影响长江口的生态环境。据分析，在只有东线的情况下，长江口盐水入侵盐舌在枯水期上溯长度和出现频率将增加，要特别对三线同时实现调水后的影响进行深入研究。
目前国家环保总局与有关院校和科研单位已对南水北调的环境影响全面开展了研究，得出了结论。但如何采取环保措施，以推动形成更好的生态环境仍不可掉以轻心。
刘昌明，中国科学院院士，地学部常委，北京师范大学资源环境学院院长，中国科学院地理科学与资源研究所研究员，中国科学院水问题联合研究中心主任，中国科学院石家庄农业现代化所所长。1934年生，致力于水文、水资源理论与应用研究43年，已发表论文著作200篇（部），培养多名硕士、博士研究生，获国家、院、省、部级奖12次。
