为了替代年久失修的旧首相官邸，日本于1996年开始着手设计、1999年动工兴建新首相官邸。经过长达3年的建设，一座耗资650亿日元的新官邸于4月底落成。
新首相官邸位于原官邸南侧，占地4.6万平方米，是一座地上5层、地下1层的正方形钢筋水泥建筑。总建筑面积2.5万平米，是旧官邸的2.5倍。新官邸不仅外观气势宏伟，建筑风格也与旧官邸迥然不同。新官邸采用银灰色瓷砖贴面，正面为全玻璃外壁，一派现代西洋建筑风格。其内部又刻意突出了日本韵味。新官邸建于斜坡之上，从背面看为5层楼，从正面看正门所在的1楼位置其实是3楼。各层格局从上至下依次是5层为首相、官房长官、副官房长官及秘书办公室；4层为内阁会议室；3层为事务部门办公室与正门；2层为大小会议厅；1层为记者俱乐部；地下一层为危机管理中心。建筑物内大小会议厅的天花板、楼梯、墙壁及显要部位全部采用日本出产的名贵木材。而各种会议厅所铺地毯的花纹更充满日本特有文化色彩，不是漫天飞舞的樱花，就是随风摇曳的稻穗。
为建造这座超现代化的新官邸，日本政府可谓不惜工本。为了便于首相在应急情况下紧急出动，不仅官邸顶层可供直升机起降，后院水池在应急情况下把水抽干，也可作为直升机起降平台。整座建筑物为抗震构造，足以应付阪神大地震级的强震。建筑物外部的玻璃全部用特殊材料制成，厚约5厘米的复合强化玻璃足以抵挡枪弹射击。设在地下1层的危机处理中心兼有情报搜集中心功能，实行24小时昼夜值班。宽大的显示屏上可同步显示从自卫队侦察机和海上保安厅巡视船发来的图像。靠现代化的信息收集手段，首相稳坐官邸内就可同时应付多种紧急事态。为加强安全保卫工作，从新官邸的大门口到各层的楼梯口，全部设有通行卡识别器，包括首相在内，进出官邸的各类人员都必须佩带加有集成电路芯片的身份证明卡。识别器认卡不认人，每天上班高峰时，新首相官邸门前排起长队是常见的一景。
由于追求完美与超前，新首相官邸每平方米造价约174万日元，创下日本建筑造价之最。然而目前遭非议的还不是造价问题，而是新首相官邸的隐秘性。小泉首相曾经主张，要把新官邸建得更加开放、透明，以增加透明度，然而事实恰恰相反。与旧官邸相比，常驻首相官邸的各媒体跟班专访记者的活动范围大大受到限制，首相办公室所在的5楼更被定为禁区，严禁记者入内。尽管政府相关人士一再声称这是建筑设计上的缺陷，但媒体一致认为，这明显是对新闻媒体进行限制。有的媒体还联想到小泉内阁最近提出的有事法制、个人情报保护法案和人权拥护法案等3大法案，指出在政府包括建造新首相官邸在内的一系列举措中，小泉内阁在有意识地对日本国民进行信息封锁和控制。
