2001年度，我国科研人员在国际著名学术刊物《自然》和《科学》上发表论文39篇，有32篇论文的作者受到了国家自然科学基金的资助。
国家自然科学基金在支持原创性科研项目方面正在起着重要的导向作用，营造了有利于源头创新的环境，推动获得了一批原创性强的成果，发现、吸引和凝聚了一批国内外一流的科研人才，特别是年轻人才。
组成国家自然科学基金委员会的是中国当今第一流的科学家。他们懂得，作为国家支持自然科学基础研究的最重要资金渠道，如果国家自然科学基金不能在支持源头创新上形成强烈的导向作用，我国的科技创新计划将受到巨大损害，我国的国际竞争力也将受到削弱。
基础研究具有厚积薄发、难以预测等特点，需要长期的潜心研究和多方面的积累，其发展有赖于学科的渐进和学科之间的不断交叉融合，国家自然科学基金委员会因而决定：
——适度地增加面上项目数量，提高项目资助率，从而扩大受资助项目的数量与范围。
——妥善处理非共识项目，保护科技工作者创新的积极性。对于在创新性的判断上难以达成共识的项目，试行由评审组主审专家或科学部署名推荐的辅助决策方式，改进评审标准，扩大自由探索的空间。
——提高连续资助项目的比例，增加研究积累。在对项目评估的基础上，对创新前景良好的面上项目给予连续资助。
——启动科学基金重大研究计划，推动学科的交叉和集成，促进不同学术思想观点的“碰撞”，拨专款用于支持交叉项目。
——拓展联合资助范围，加强知识创新与技术创新的结合，促进国家整体创新能力的提高。在国家重大战略需求领域，进一步加强与国务院有关部门和直属机构、地方政府和中外企业的合作，开展联合资助。
国家自然科学基金委还明确提出，促进创新，必须强化对优秀青年人才的培养和对创新研究群体的支持。为此，他们扩大了青年科学基金的规模，鼓励具有高级职称的在职博士生申请基金；对于在长期的实践中，由杰出的学术带头人凝聚起来的、在实践中证明有强大创造能力的“团队”，给予优厚的资助。
长期的鼓励科技创新的策略使国家自然科学基金在我国创新性成果中起到了越来越突出的作用。以2001年度国家自然科学奖为例，其中18项二等奖曾经全部受到国家自然科学基金资助，其他奖项也绝大部分受到过该基金资助。
