党的十三届四中全会，特别是党的十五大以来，黑龙江垦区坚持“三个有利于”标准，按照“三个代表”要求，大胆突破，勇于创新，不断深化农业改革、国有企业产权制度改革，大胆探索内部政企分开的最佳模式，初步构筑起适应社会主义市场经济体制的基本框架，为参与国内外市场竞争奠定了体制和机制基础。
大农场套小农场统分结合的农业双层经营体制已经建立，以家庭农场为基础的新型农业生产经营格局基本形成。目前，黑龙江垦区兴办各类家庭农场21.9万个，占全部农业经营组织的99.9％。家庭农场的数量比1989年增加了5.6万个。家庭农场承租耕地201.4万公顷，比1989年增加57.1万公顷，99.9％的耕地实现了家庭承包租赁经营。农机具转让基本到位，垦区2.7万台套大型农机具，由农场转让和职工自购的占99.7％，基本实现了农机到户。经过十多年的努力，黑龙江垦区基本实现家庭农场“两费”全部自理。2002年，垦区家庭农场生产费自理金额为49.65亿元，生产费自理率为99.7％，比1989年提高了75个百分点。全垦区固定2－3年的耕地面积为44.5万公顷，固定3年以上的耕地面积为94.3万公顷，长期固定的耕地占全部耕地的46.8％，比1989年提高了21个百分点。黑龙江垦区初步形成覆盖农业产前、产中、产后全过程，包括种植、畜牧、林业、渔业等全行业，涵盖信息、科技、管理、基础设施、营销、金融等全方位的农业社会化服务体系，服务组织正在向实体化、企业化和产业化的方向发展。以全面兴办家庭农场为重点的农业改革，解放和发展了垦区的社会生产力。与1989年相比，2001年垦区实现粮食总产860.8万吨，增长2.42倍，年均递增7.6％；粮食单产每公顷4699公斤，增长2.12倍，年均递增6.4％；农业职工平均生产粮食20742公斤，增长2.47倍，年均递增7.8％；农业总产值达到155.37亿元，增长4.48倍，年均递增13.3％；农业增加值86.56亿元，增长5.2倍，年均递增14.7％；人均收入达到3650元，增长3.89倍，年均递增12％。
以产权制度为重点的国有企业改革逐步深化，适应社会主义市场经济要求的现代企业制度建设取得实质性进展。在国有企业改革与调整过程中，黑龙江垦区大力调整国有经济布局，通过改组、联合、兼并、租赁、承包经营和股份合作制、出售等多种形式放开搞活国有中小企业，加快推进了中小企业民有民营步伐。到2001年底，垦区有各类所有制企业1071户，其中实行承包、委托、租赁等形式经营的国有企业369户，比1999年减少了649户，减少了64％。按照建立现代企业制度的要求，黑龙江垦区已组建公司制企业101家，股本总额达到10.64亿元，资产总额达到52.64亿元，占全部国有企业资产总额的49.2％。13户重点国有龙头企业整体或部分改制为有限责任公司或股份有限公司，实现了投资主体多元化，建立了法人治理结构。北大荒农业股份有限公司的重组及成功上市，标志着垦区国有企业建立现代企业制度取得了实质性进展。
大胆探索内部政企分开的最佳模式，实现了管理体制改革的重大突破，推动了各项事业的蓬勃发展，为率先实现农业现代化奠定了体制基础。围绕实现政企分开，黑龙江垦区全面推行省委八届二次全会对垦区实行的“省级授权，部门派出，系统管理，内部分开”的管理体制。在组织形式上，结合组建北大荒农垦集团，将总局、分局的组织机构进行适当调整和分离。按照一套机构，两块牌子，综合部门合署，行政与经营管理部门相对分开的原则，组建集团总公司和分公司，将总局与集团总公司、分局与分公司相对分开；在农场辖区设立社区管理委员会，承担农场分离的行政和社会职能，将农场社区管理机构与农场经营管理机构分开。在运行方式上，将总局、分局、社区管理委员会作为垦区行政主体，依据省人大和省政府的委托授权，负责对垦区行政和社会工作实行系统管理；集团总公司、分公司、农牧场和国有及国有控股企业，作为北大荒集团成员企业，实行母子公司管理体制，在垦区内部形成了政企相互支撑、双轨运行的管理体制。
