瞄准世界一流大学的目标，复旦大学在“985”工程实施之际确定了“三步走”战略：2005年建校一百周年前完成奠定基础的第一步，实现向高水平研究型大学的转型。2010年左右完成第二步，若干学科率先达到世界一流水平，力争成为国际知名的高水平大学，形成向世界一流大学冲击的强劲势头。第三步，再经过一二十年的快速发展，跻身世界一流大学行列。
“985”工程一期建设中，复旦大学在学科建设、科学研究、人才培养等方面取得了丰硕成果。40个全国重点学科，列全国高校第三；承担国家“973”、“863”等重大科研项目居全国高校前列；2002年度获得3项国家自然科学奖二等奖，占全国高校鳌头……复旦，正成功地迈出建设世界一流大学的“第一步”！
一流学科是一流大学的基础。复旦大学将学科建设作为“985”工程的重中之重，致力于优化结构和提升水平。与上海医科大学合并后，复旦学科门类更加齐全，综合实力进一步增强。
学校按照“发展优势、突出重点、着眼前沿、优化结构”的学科建设思路，通过“重中之重”、交叉学科、校重点学科、特色学科和扶植学科等不同项目的实施，推进一批优势学科，瞄准世界先进水平或为国民经济建设和社会发展做出较大贡献；促进学科之间的交叉和合作，以形成新的学科生长点和新的优势学科；加强一批特色学科的建设，努力保持或进入同学科先进行列；扶植一批对国家特别是上海市社会经济发展具有重要支撑作用的学科，基本上构成了具有不同层次目标及内容的学科建设格局。
在新一轮全国高校重点学科评审中，复旦大学有40个学科入选，名列全国第三，基本形成了一片可观的学科高原。这片学科高原凸显了学科结构相对齐全、整体水平较高的优势，40个重点学科中，文科12个，理科和技术学科14个，医科14个。
发挥学科优势，拓展科研新领域，复旦大学在承担国家重大科研项目上取得突破，科研经费从1999年的7000万元，迅速增长到2002年的2.5亿元。复旦大学主持或共同主持了6项在研国家“973”项目，位居全国高校前列；2001年，国家“十五”“863”计划启动，复旦大学有24个课题获得立项，其中生物领域18项，为当年高校在该领域获得立项最多的单位。2002年，复旦大学又一举签订了34项“863”计划合同，成为当年全国签订“863”计划合同数最多的单位之一。在国家“十五”医学重点攻关任务中，复旦大学囊括了上海的全部6项。
一流大学一流学科运行的主体是高层次人才。以“985”工程为支撑，复旦大学推出了快速凝聚海内外高层次人才和提高师资队伍素质的举措。学校专门成立了校长挂帅的人才引进领导小组，设立了人才引进专项经费，通过“成组引进”、“柔性流动”等灵活多样的模式，1999年至2002年引进各类优秀人才115人，达到了“补缺攻坚”的目的。
另外，“985”一期建设期间，学校每年邀请80多位外籍专家长期来校参与教学、科研，邀请500多位外籍专家作短期访学，300多位国际知名学者受聘为复旦名誉教授、名誉博士，有效地提升了学校的国际知名度和影响力。
在引进杰出人才的同时，学校非常注重创造有利于校内优秀人才脱颖而出的良好机制。“985”期间推出的“世纪之星计划”，重点培养了100名青年学术骨干，学术梯队建设取得积极进展。
高层次人才的凝聚和高素质教师队伍的形成，为高质量的人才培养创造了条件；一系列加强素质教育、培养学生创新意识和创造能力的举措，则为高质量的人才培养提供了保证。1999年底，学校拨款100万元设立专项支持经费，启动了学生学术科技创新行动支持计划，支持学生课外学术科技创新。在检阅全国大学生科技创新水平的“挑战杯”竞赛中，复旦成为历史上第一所三次捧杯的大学。
建设学科高原，凝聚高层次高素质人才，为收获重大科研成果积聚了能量；鼓励开拓创新的一系列科技政策和科研体系的创新机制，则为重大科研成果的诞生构筑了良好的环境。近几年，复旦大学不断取得与学校水平、地位相称的重大成果，获得了以3项2002年国家自然科学奖二等奖为代表的一系列重大奖项；发表SCI论文逐年增长，并实现了在超一流国际核心期刊发表论文的突破，2001－2002年间已经在《Science》和《Nature》上发表论文3篇。
人文社科研究显现出其深厚基础和强大优势。学者们积极参与全国尤其是上海的重大现实问题研究，各类各级项目的申报数和立项数急速上升。国家社科项目的申报数从几年前的几十项已上升到今年的163项，立项数去年达到了前所未有的31项，在全国高校中名列第二；优秀科研成果不断出现，夺得第三届中国高校人文社会科学优秀成果奖22项，其中一等奖5项，列全国各高校之首。
