清华大学生物科学人才培养基地建于1994年。基地先后被国家自然科学基金委和教育部评为“全国理科（生物学）基础科学人才培养优秀基地”，2000年，基地建设项目先后获清华大学教学成果一等奖、北京市教学成果一等奖和国家教学成果二等奖。抚今追昔，总结“九五”国家生物科学人才培养基金和国家生物科学人才培养基地建设的成绩与经验，我们感到无比欣慰，更感到责任重大。
培养符合社会需求、能对人类文明和社会发展做出贡献的人才，始终是基地建设的中心，也是实现基地可持续发展最根本的标志。清华大学生物学基地在教育部和国家自然科学基金委等部门的支持下，依托清华大学的理工优势，经过多年的不懈努力，共培养了240名品学兼优的本科毕业生，造就了一批成绩卓越的优秀人才。
在人才培养方面，我们首先以建设高水平师资队伍为龙头，营造有利于人才脱颖而出的学术氛围。我们特别注重加强教师队伍建设和拔尖人才的引进，现在已基本建立了“以教师为本、以学术带头人为中心”的管理制度，建立了公平、公正、公开的学术评价和人才竞争机制。其次，从改革培养模式入手，全面推进素质教育。我们以建立适应“研究型”教学的课程结构为重点，初步确定了相对简洁的课程结构，实现了精简总学分与课程门数的总体目标。第三，推进研究型教学方式的实施。我们要求教师讲课不再单纯地传授和灌输，应重在讲思路、讲概念、讲动向，引导学生思考、创新，调动学生研究与探索的积极性。第四，扩充课程资源，增加学生选择空间。现在全系共开课32门，其中采用外语授课课程2门，采用外文教材的课程3门，近70％的课程采用多媒体电子教案授课或网络辅助教学，生物学实验教学中心每年接纳学生实验达8万人学时。第五，采取师生互换、学者互访、互聘教授、合作研究、国际学术会议、教育资源互补等方式加强与国内外院校的交流与合作。第六，加强学生思想工作，全方位加强学生管理。
清华大学物理学人才培养基地1991年批准建设。1999年10月底通过验收后，基地建设进入了一个新的阶段。
要建设一流的物理学人才培养基地，首先要知道一流大学的物理教学是什么样的。为此，我们专门组织基地教师去世界一流大学调研。在调研的基础上，结合实际反复讨论，基地教师在物理学人才培养的观念上逐步形成一些共识：1、物理系既要培养杰出的物理学家，又要培养有宽厚基础，可从事其它工作，尤其是在高新技术领域从事开创性工作的优秀人才；2、本科阶段主要是打基础，应强调给学生一个宽厚的物理基础；3、要培养富有创造性的物理人才，就要合理安排课程，给学生充分的自主选择自由；4、培养创新人才最重要的是创造一种环境和氛围，不断激发和鼓励学生探索自然的奥妙；5、研究型大学的教师必须搞科研，只有创造性的研究工作才能培养出创新型的物理人才；6、基地建设要统筹考虑加强研究生培养工作。
基地2001级新生已经正式实施新的培养方案和课程结构。新的课程框架有以下几个主要特点：一是必修课程总量精简，留出弹性空间。总学分要求由原来的200学分左右缩减为目前的170学分左右，其中人文社会科学基础约35学分由学校统一安排，数学物理理论课程及实验课程约70学分，必须完成的研究训练环节及其它实践训练环节约25学分，其余将近有40学分可由学生任选。二是确保宽厚的物理数学基础。必修的数学物理理论课包括微积分、复变函数与数理方程、力学、电磁学、量子物理等等。对这些必修课，基地花大力在教学方法和内容方面进行改革。三是增大自由选课空间，为学生向应用方向发展提供机会。在将近40学分的任选课中，学生根据自己的兴趣与特长，可以在物理系所开设的近30门课中任意选课，也可以在全校工科各系中任意选课。四是强调实验与研究训练的重要性，鼓励、要求学生参加科学研究训练。
