科学价值的中立是许多人坚持的见解。他们认为，科学主要是揭示、描述自然界内在本质关系且具有客观内容的知识体系，这种知识体系似乎与人的价值理念、判断无关，而“科技是把双刃剑”的正负效应，只是在转化为技术应用时，由具有不同价值观念的人所掌握和使用，才会出现善或恶的不同价值倾向。如果只是把科学简单地归结为知识体系，这种说法还勉强得以成立，但科学的本质内涵要比上述说法丰富、复杂得多，科学不仅是知识体系，还是一种社会活动和文化形态。
从科技史上看，如果把前科学时期的技术也归在科学范畴之中，那么，自有人类文明以来，伴随人类的生存、发展便存在着科学活动，当然，科学这种社会活动在人类不同历史时期的表现形态、发展程度以及对社会的影响与作用是各不相同的。若回溯早期的一些科学知识体系，我们可以发现它们与当时社会的经济、政治利益，以及人们对自身命运的关切不无关系，如几何学就是希腊人从埃及人丈量土地的方法与规则中演化而成的，天文学是从农业生产、航海、命运占卜等实际需要中产生的。可以说，历史上各门科学知识的创立或理论的综合，都具有深刻的社会背景，带有时代特点的烙印。
如果说，前科学时期的科学知识除了出自直接观察与实践经验外，与研究者的思辨最为相关，那么，自近代科学产生以来，科学研究方法与思维方式发生了很大的变化，科学家注重的是实验室的实验，逻辑思维的分析、归纳与演绎，以及实验技术手段的不断改进，因而科学研究不再是笼统、模糊、被动地去认识和反映自然事物，而是主动地介入、干预自然现象，并在各种先进的实验工具、仪器设备的辅助下，借助精确的数学去构建精致的理论模型或理论假说；科学活动也由原先自由探索的个体活动转变为成建制的有组织的分工协作活动，受各类企业的资助或国家的掌控。显然，这样的科学活动很难摆脱各种利益集团的影响，并为不同主体的主观意愿所左右。
科学还是人类的一种文化。以知识体系论科学，科学当属观念文化，若把科学与技术统合，则科学不只是观念文化，还是器具文化。无论是观念抑或器具，科学的主要特点是把自然界、客观物质世界作为研究对象，力图揭示物质世界的内在规律，并以物质的手段按规律再现自然现象或创造新事物，即使涉及的对象是人体和人的生命，也是把人体和生命视为客观的自然存在物，并以物理、化学研究的方法作为主要的研究手段。因此，科学文化与宗教、哲学这些主要以人们的信仰、信念、价值理念为研究对象的文化是有区别的。然而，科学文化又与其他文化存在不解之缘，且不说近代科学产生之前，科学要么从属于哲学，要么臣服于宗教，缺乏自己独立的地位，就是在科学与哲学相揖分手，科学从宗教神学的奴婢转变为独立的主人以后，它依然割不断与这些人文文化的关联。古希腊时期的科学融于哲学之中，它对自然的关注除了自然观察手段外，主要依赖于哲学思辨，因而往往被哲学的话语所遮蔽，然而，也正是凭借哲学的思辨力，才会孕育出科学的怀疑精神，才会出现“原子”论的天才猜测。在当代，科学技术处于工业化、市场化的强烈现代性需求与激烈的利益竞争氛围中，科技转化为生产力，转化为实际应用的步伐越来越快，科技的巨大威力显露无遗，不仅促进了经济的飞速发展，还渗透到社会生活的方方面面，成为强势文化、主流文化。这种文化的特征是：一方面促使高新技术不断涌现并转化为应用，另一方面以认识、改造自然和社会为己任，认为只要通过科学技术就能改造山河，拯救人类的苦难，推进社会的发展。因此，当今的科学文化，越来越主动越来越自觉地服务于这样的目的，显示出人文关怀的价值取向。但是，人类社会究竟应该向何处去？人类社会发展的目标究竟是什么？人类生存、发展的根本价值与意义究竟何在？这些问题并不是只需发展高新技术或持有一厢情愿的良好意愿所能解答与解决的。
科学知识体系是科学研究活动在一定阶段上的认知结晶和精神产品；科学活动是科学探究真理、构建理论、发明创造和不断进步的历史进程；科学文化则主要是反映人类与自然的认知关系，尤其是近现代社会历史条件（社会生产方式的重大变革，社会形态的重大变迁）下，人类对自然界的认识、改造逐渐深化与扩展，并日益影响和作用于人类社会进程的独立文化形态。这三者从不同角度表达科学的本质内涵，构成一个整体的科学概念。很明显，如果单纯从科学知识体系的视角去谈科学与价值的关系，就难免出现认识上的偏差。
从科学的整体看，科学毫无疑问承载着价值。科学所涉及的价值是多样的，有经济的价值，政治的价值，军事的价值，社会的价值，精神的价值，包括研究者个体的价值取向，这应该不难理解。然而，科学本身还历史地反映着不同的内在价值层面，在当代，这些不同的价值层面往往纠缠在一起，呈现出复杂的局面，并展示一定的价值取向。因此，对这些价值层面作一些分析是不无意义的。
首先，科学具有一以贯之的追求真理性认识的价值，这种求真的价值既体现为科学合乎理性的精神价值，又包容着科学的审美意识和崇高的意义（善）。历史地看，科学的求真价值既有哲学思辨追根究底的渊源，又与古今中外无数科学家以追求真理为目的的个人志趣的活动相吻合。爱因斯坦就曾表达过自己从事科学研究的深切体验，他认为，在孜孜不倦的科学探索中，既有追索真理的快乐，又有对大自然存在和谐秩序的美感，同时还有乐此不疲，为之献身的类似于宗教的崇高情感。
其次，科学树立了认定自身永恒有效的价值观念，这种价值观念出自科学发展的事实逻辑。科技史上，科学由物理学→化学→生物学……不断地演化，学科间又不断地分化、交叉、综合。期间，科学攻克了一个又一个自然现象的堡垒，创建了一个又一个重大的理论，取得了一个又一个辉煌的成就。因而，科学具有了无比的自信，认为科学发展无止境，科学知识永远有用。这样的价值观念（西方学者称之为“技术价值”）反对任何科学研究的禁区，不允许对科学作科学话语之外的批评与制约。
再次，科学具有合乎社会目的的价值，这是带有明确目的意向的科学价值。企业利润的获取、经济指标的增长、物质生活的改善、政治利益的需求、国家实力的增强等等目的，都寄希望于科学技术的大力发展。这种价值反映出科学具有鲜明和突出的工具性特征。
在当代，各国政府都在不遗余力地谋求科技的发展与现代化，以追求不同的目的需求，甚至把科学发展提高到关乎人类生存与发展的高度，认为人类目前所面临的所有困境，包括经济发展和技术应用给全球带来的某些负面效应：环境污染、生态失衡、人口剧增、资源短缺，都可以通过科学技术的提高和改进加以解决。这就涉及人文关怀的更深的价值层面。
科学的上述内在价值经常是交杂在一起的，其中，求真的理性价值在科学的进步中起着不可替代的重要作用，只是为越来越浓烈的功利色彩所遮蔽。科学的工具性价值与其乐观自信的技术价值的结合，既为现实社会中各种实际的计划、目的服务，获得令人振奋的成果，同时又使一些人陷入盲目的陶醉与不切实际的虚幻想象之中，似乎科学能够解决一切问题。其实，无论是历史还是现实都已表明，科学知识与科学活动固然具有重大的意义和强大的社会功用，但也存在明显的局限性。
当今的科学技术从宏观与微观的层面不断地拓展着对外在世界的探索，如外层空间技术、海洋技术、纳米技术、微电子技术，同时还重点转向研究、干预人类自身的生命体与生命活动，在科学研究、创造的过程中，由于工具化的价值倾向日盛，很可能囿于狭隘的局部的利益要求，而出现科学研究的偏向以及非理智的技术应用，进而导致某种严重不良的社会后果。例如近几年在国内外颇有争议的生殖性克隆技术、人类基因组研究与遗传服务这些与生命科学、生物技术相关的领域，因为一些研究者与投资者看到了其极大的经济利益前景，而不顾人的生命健康与生命尊严，违背伦理原则，率性而为，后果堪忧。应该看到，科学在资本与市场的强烈诱惑下，很容易产生迅即转化为应用而不顾及深远后果的冲动，科技的作用越大，其效应便越大，而潜在的危害也将越大。这正是当今科技所存在的不容忽视的现象之一，也是西方学者对唯科学主义进行批判的一个深层原因。
美国科学家巴伯指出：科学的进展是由科学本身、规范、兴趣以及现实世界这四个方面共同推动的。今天的科学已不再是互不相干的独立个体的自由探索活动，而是有组织的或成建制的共同体的社会实践活动，当然这种活动并不扼杀也无法扼杀共同体内个体的自由探索与兴趣、爱好；今天的科学仍然保持着相对独立的行动规则与范式，但它无法排斥伦理、人文的必要引导、规范和制约；今天的科学在很大程度上受各种现实因素的诱导，包括投资者、政府部门的各种影响，但它绝不应该漠视人类的根本价值理念和放弃人文关怀。因此，充分认识科学与价值的关系，在正确的价值观指导下发展科技，这不只是科学家的责任，也是全人类的责任。或许，这正是深入探讨科学与价值关系的意义所在。
