以心理学的研究取向和思维方式为出发点来审视心理学的发展历程，我们发现，自心理学从哲学独立出来之后，经过100多年的发展，大体上表现出两种知识形态。一种是遵循自然科学的路线，从自然科学中借鉴、提炼和采纳相关的基本概念、解释原则、研究方法和应用规则，我们称之为自然科学心理学。它是心理学发展中的主流
学科观的二元对峙。由于在心理学最基础和最核心问题上持有不同的立场，主流心理学的学科观与非主流心理学的学科观相去甚远。从知识社会学的角度说，在近代西方社会，主流心理学家顺从时代精神的要求，把心理学看作一门自然科学，并且相信通过外源性研究即通过对被试者的外部观察和实验，就能够获得对全部心理现象的认识。应当肯定，主流心理学对世界心理学的发展、普及和成熟起到了重要作用，但同时由于它难以提供彻底令人信服的合理说明，因而常常招致“忽视心理现象的真实本性”、“远离人的现实生活”等批判。人文学科心理学认为，不应该完全以自然科学的方式理解和实践心理学。这不是说自然科学心理学完全错误，而是认为自然科学取向的心理学存在局限，难以正确处理心理学家感兴趣的许多心理现象，甚至根本就无法完成对一些重要心理现象的研究。自然科学心理学强调用于研究心理现象的特定方法，人文学科心理学则强调忠实于心理现象的重要性，把心理学看作一门人文科学，最重要的是必须将心理学的研究对象定位为真正是对人的研究，把人真正当作“人”，而不是物。
心理本真的不同追寻。心理学的独立及其随后的主流发展总体上是以自然科学的世界观为榜样，自然主义成为主流心理学核心的理智背景。自然主义把从自然科学中引申出的观念上升为一种世界观，将现实完全看作是由一种单一的、无所不包的时空系统组成的，人仅仅是这个时空世界中的与其它客体无异的自然存在。在自然主义的世界图景中，现实最终是“自然的（物质的）”组成，也就是世界只有自然存在。现实一切存在的东西都是自然的，也即物理的。所有存在要么是物理自然，要么是依从或隶属于物理自然，是物理自然的派生物，心理现象或意识就属于后者。而自然存在本质上体现为在一个完全统一的有形世界里，以物理质料为在场形式，所有的现实存在都严格受制于统一的、同样的时空法则和因果律，世界上所有可能的问题包括人所独有的意识或心理现象都可以归属于通过实验控制的具有物理性质的事件。
人文学科心理学强调在特定情境中研究个体真实心理体验的主观的、私人的反应，关注来源于真实心理体验中被试个体主观的反应信息，这种研究常常被主流的实证取向心理学家贬低为“不可靠的”、主观的自我报告，并认为这种“不可靠性”需要通过客观的科学方法来加以控制和克服。主流心理学认为强调对主观经验的研究无可厚非，但是研究结果必须接受某种客观检验，这种检验是可重复的和可证伪的，否则研究结果就不能科学地接受，也就是没有科学性。
人文学科心理学显然不接受主流心理学对“客观性”概念的理解，认为心理学在19世纪末出现之时采纳物理学或自然科学的模式还“情有可原”，但随着历史的发展，科学观已经发生了重大变化。自从20世纪爱因斯坦相对论和量子力学以来，人们对客观性的理解已经发生了很大的变化。科学家研究客观实体时，并不是被动的观察者，而是积极的参与者。科学家特定的主观兴趣、目标和研究方式会对研究效果起到特定的影响或者说特殊的限制。
人文学科心理学坚持“意义优先”，认为简单的事实积累或只停留在事实积累水平不是心理学的合适目的，不管心理学能积累多少事实，也不管分析事实时使用的统计技术多么复杂，“事实”终究不能直接跳跃为“意义”。心理现象是多样的，关键在于发现来自于不同情境心理现象的意义的普遍核心或者说结构，因此极端重视刺激或情境对被试的意义及价值。人文学科心理学的研究方法首重描述，设定意识主体和经验对象的意向性关系，寻求心理现象的本质。
方法论的各自选择。主流心理学首先坚持心理学是一门自然科学，然后再用科学的标准（严格的实验程序和操作技术、严密的测量和统计）筛选、研究和分析感兴趣的心理现象，以求得客观和确定的心理学知识。主流心理学把心灵看作是与肉体相联系的物理世界的一部分，将意识等同于物理存在的“存在”，并服从物理自然的法则，在某种程度上，私人的心灵事件依赖或相关于物理事件，因而完全可以通过实验方法来控制或测量。
冯特建立心理学实验室标志着心理学独立于哲学，但同时由于把意识研究搬进实验室，以“物”的模式处理人的意识现象，也就开创了主流心理学中一直延续着的意识自然化的传统。主流心理学家希望心理学尽早脱离哲学思辨而获得像物理科学那样的权威性知识，因而“迅速”采纳了物理科学使用的实验方法，但又多少显得有些“盲目”。把意识现象转变为能够实验控制的物理事件，使得主流心理学的大量工作放在如何尽其所能设法克服实验方法本身的缺点。在主流心理学中自然科学的研究取向和方法被看作是心理学的核心，具有极端的优先性，心理学研究的内容以其所建立的研究取向和方法论来衡量和判定。因此，在主流心理学中方法论被赋予了突出的优先位置，任何方法和内容之间引起的冲突均按照前者的立场来解决。也就是说，重要的是现象服从方法，而不是相反。这样一来，主流心理学变得过于关注方法和手段，把判定心理学知识的科学性的标准惟一地限定为获取心理学知识的科学方法。
人文学科心理学坚决反对在心理学研究中采纳物理科学的非人模式，拒绝所有还原主义和量化至上的研究取向，认为它们不适合研究人的心理现象。心理学没有取得与自然科学同样的进步，因为心理学屈从于自然主义的诱惑，没有考虑独特的人的现象对方法和概念的要求。人文学科心理学并不简单拒斥心理学的实验研究，而是强调在心理学的实验研究合法之前，对心理现象的本质分析是必需的和重要的，而后再采用描述、分析、体验和直观的心理学研究方法。
