显而易见，评定核心期刊是一种非政府行为。但是现实中，不少高等院校、科研院所在对本单位人员进行业绩考核、职称评定时，只认核心期刊，甚至将是否在核心期刊上发表文章与工资、奖金挂钩。既然核心期刊的影响如此重大，那就有必要关注核心期刊的评定。
对引文率重要性的质疑
引文率是筛选核心期刊的重要指标之一，但这一指标具有片面性。有些学科期刊数量很少，引用量相对较大;反之，期刊多的学科，引用量则较小。有些专业读者群小，论文水平再高，引用的总量还是较小。专业面较强的期刊，读者面相对集中，同专业的读者、作者首选本专业期刊，引用率自然较高；而综合性学术期刊，读者则比较分散。应用性学术期刊，引用率相对较高，而理论性较强、水平较高的期刊，往往因为曲高和寡，引用率反而不高。有些学术期刊因保密需要，不能对国外发行，水平再高的论文，也不会被国外数据库收录。
又如，一篇有严重错误的论文发表后，被同学科其他作者引用的肯定会超过一篇无错误的论文。要批评，自然就要摘引该刊的文章。但这种因受批评而导致的该刊引文率高的现象绝不能证明该刊的水平就高，而只能说明负引现象多到一定程度，势必对核心期刊的评定带来干扰。相反，论文水平高，引用率却不一定高。爱因斯坦的相对论，1905年发表后，历时6年之久都无人引用，恰好是反证。
再看《中文核心期刊要目总览》(2004年版)，其中核心期刊含30个学科的473种核心期刊中，竟然没有一种是高校学报，还有很多学科的核心期刊中含有的高校学报也是凤毛麟角。这不能不说是根据引文率等指标评定核心期刊造成的悲哀。值得一提的是，引文率主要反映在引用的参考文献上，笔者从事科技期刊的编辑工作20多年，常因不少作者引用参考文献时注录不全而要与他们联系，得到的结果也常令人啼笑皆非。然而有些作者撰写论文时并未参考过那些文献，更不了解有关作者姓名、期刊名称、出版年月等详细内容，他们之所以在文末附上一些参考文献，完全是为了应付不少科技期刊发表论文时对参考文献数量的硬性要求，这种“贴标签”似的参考文献，被胡乱引用后，又成了评定核心期刊的的重要指标，的确荒唐。同时，不少期刊的编辑们在对稿件进行编辑加工时，受篇幅所限或为追求版面的工整，尽量减少转页，最常见、最省事的办法就是拿参考文献开刀。被编辑们随心所欲地删去的参考文献，却在评定核心期刊中占有重要分量，这是编辑们始料未及的，也从另一角度反映出将引文率作为评定核心期刊的重要指标欠妥。另外，由于期刊的自引可以提高期刊的影响因子，不少期刊采取了不正当的手段，要求作者在参考文献中尽量引用这些期刊上的文章。这种主观因素的介入，使影响因子被扭曲，用这种被扭曲了的影响因子作为评价期刊和学术论文的重要指标，显然是不合理的。
对评定公正性的质疑
核心期刊的筛选和确定，无论是采用单指标法还是多指标综合法，都存在这样或那样的问题。例如：布拉德福定律确定法把期刊载文的绝对量最多的核心区期刊等同于代表该学科发展水平的核心期刊，这显然是不够科学的，因为载文的绝对数量越多不等于该期刊上发表的论文质量越高。引文分析法的缺陷有：源期刊的数量及选择不一定恰当，且引文本身也存在不恰当的自引、批判性引用和如前文所述作者为迎合一些期刊发表论文对参考文献数量的硬性要求而无中生有地乱引等。多指标综合法也存在指标、权重选择不合理等方面的问题。
中文核心期刊要目总览(2004年版)采用了定量和定性相结合的方法，聘请了1871位学科专家参加了核心期刊评审，这在主观愿望上无疑是好的，但在期刊数量大量增加的情况下，专家受时间和精力的限制，不可能了解和本学科有关的全部期刊，更不可能审读各期刊上刊登的每篇论文，难免带有专家个人的主观性。更何况在物欲横流的今天，学术腐败现象屡见不鲜，不正之风无处不有，有些期刊为挤进核心期刊不择手段，核心期刊评定的公正性难免受到干扰。如在公路运输类核心期刊表中，《某某汽车》上所刊登的文章大多是商务性的，几乎无学术价值可言，该刊从不引用参考文献，亦未见公路运输类其他期刊上的论文引用过该刊的文章(作为长沙理工大学《公路与汽运》杂志社社长，因工作需要，笔者必须拜读该类期刊)，在此斗胆问一句，根据《中文核心期刊要目总览》的评定原则和评定指标，该刊是如何进入核心期刊的?社会各界，尤其是高等院校和科研机构不应夸大核心期刊的作用，应遏制核心期刊功能的异化、泛化现象，恢复核心期刊为图书情报机构订阅、收藏期刊，为读者选择、阅读期刊提供参考的本来面貌。在知识分子的业绩、职称、论文评定中，不应“以刊论文”，而应克服简单浮躁的作风，坚持实事求是的精神，作出客观、公正的评定。
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