作者在此前曾利用中国第一历史档案馆及他处所藏档案资料，撰写了多部晚清史论著，深受海内外学界关注。日本东京大学于2003年邀请其赴日讲学，还特在此期间与该校综合文化地域文化研究专业举办了“晚清历史与档案研习班”。作者在研习班上除讲授中日文化课程外，还带领学员先后到日本外务省外交史料馆、防务厅研究所图书馆、亚洲历史资料中心等处深入发掘史料，并依据新发掘的史料，对晚清史的诸多问题进行研究。本书即是这次研习班研究成果的结晶。凡是严肃的史学工作者都知道，历史科学的本质特点是依靠材料，从原始材料出发开展研究，材料对于研究者，如同水对于鱼、空气对于鸟一样重要。只有不断地对新材料进行发掘和利用，才能推进研究，取得突破性进展，《罕为人知的中日结盟及其他――晚清中日关系史新探》的完成，是一个很生动的例证。
这部著作由十七篇相互联系的专题论文所组成，各篇论文大都依据翔实罕见的史料，揭示出一些鲜为人知的历史真相。昔人云，盖棺方能论定。但在历史研究中，往往由于尘封多年的档案资料被认真解读，使得一些盖棺论定的历史人物被掀去神秘的面纱，还历史以本来面目，使人们对之有更全面的了解。诸如被清廷派往日本的首任公使何如璋，在东京出使期间，力主争回琉球，并支持其下属黄遵宪等拟朝鲜国策，支持朝鲜走向开放道路。可是人们万没有料到，他卸任回京后，却被日方情报人员收买，两次向日本提供他所知道的有关中法战争期间清廷上层的决策内幕，好在日本外交档案馆中留下了确凿的资料可查。再如伍廷芳是辛亥革命后南京临时政府中的重要人物，一些学者常称誉他“正义凛然”。令人触目惊心的是，本书却揭示了他自甲午战争议和开始，曾接二连三地向日本驻京公使馆输送情报。这些史料的被发现，就使人们对这些历史人物有更加全面的认识和了解。
此外，作者依据有关史料，对晚清史上一些重大历史事件的一些失实的看法予以纠正，也是本书的一个特点。例如翁同?在百日维新中被罢官一事，历来说法是慈禧为了剪除光绪皇帝之党羽，而迫使光绪皇帝赶走其老师。本书则利用保存于日本外交档案馆中之清廷变法期间的重要当事人总理衙门大臣张荫桓与当时日本驻华公使矢野的谈话记录，揭示出此一历史事件的另一面，即锐意变法革新的光绪皇帝不满意翁同?的愚昧与守旧，才将其老师主动开缺，而且慈禧皇太后在变法初起之时，并不反对光绪皇帝的变法新政。这些材料的揭示与作者据此得出的结论，不见得能成为史学界的共识，但给人们分析此一历史事件提供了新的视角。
本书还依据有关史料，提出对历史事件及人物的研究应进行具体分析，要力戒空洞的公式化的论述。如书中对戊戌变法前后张之洞与康有为、梁启超复杂关系的揭示。人们知道政变后康梁逃往日本，张之洞与慈禧等守旧派虽然都对维新派十分仇恨，但二者之间有分别，张之洞只是建议将康梁逐出日本；慈禧则希望“不动声色，秘密诛杀，以除后患”。同时，张之洞还向日本外交官表示，百日维新时皇帝所推行的新政，“都是一一向太后禀告请旨后才颁布的”，只是由于守旧大臣的挑拨才使政变发生，“于是就变成了皇太后自己同意实施的事业，后被自己废止的丑剧”。张之洞的说法，当然与他本人在变法时所持的态度及其与慈禧之间的关系有关，但亦可使人们更全面地了解这段历史的某些具体情况。
本书还有补充已往研究之不足的价值与特点。如丁文江等所著《梁启超年谱长编》，是学界公认的内容丰富、编排精当的著作。但因条件限制，而未能采用日本档案中有关梁启超在东京的活动记录，没有将梁不得不离开东京的前后因果写出，致使该著有所遗漏。本书则据日本档案予以补充，使读者对梁在流亡日本时的处境有更加完整的认识。这在书中之《〈梁启超年谱长编〉戊戌己亥年补正》一文中有充分展示。
