问题一：生活质量提高与生活环境恶化。秦伯益院士说,随着物理、化学、生物等致病因素增加,全球变暖、臭氧
问题二：预防为主的正确方针与落后现状。秦伯益院士指出,预防为主的方针未得到有效贯彻,现实中重治疗轻预防的倾向依然十分突出,对预防环节的重视程度、资金投入、成果评价、人才评估都有所欠缺。
问题三：基础医学的进步与医学模式的倒退。秦伯益院士分析,医学模式在20世纪上半叶为生物―医学模式,下半叶转变为生物―心理―医学模式。分子生物学的发展与导向使医学向微观倾斜,宏观放松。基础医学进步,医学模式倒退。结果出现了小问题越做越深、大问题越做越少的医学科研现象。
问题四：疾病谱的变化与人们认识的固化。秦伯益院士详细诠释了疾病谱悄然变化 20世纪上半叶是传染病时代,如寄生虫、细菌、病毒等;20世纪下半叶是躯体疾病时代,如癌症、心脑血管病、糖尿病、创伤等;21世纪上半叶是精神疾病时代,如重症精神病、儿童行为问题、酒精滥用、海洛因瘾、老年精神疾患、学生心理障碍、自杀等。对人类与自然的斗争,一方面 “可上九天揽月,可下五洋捉鳖”,另一方面 “绿水青山枉自多,华陀无奈小虫何。”
“老的疾病有待攻克,新的疾病不断产生。寿命延长,老年病增多,如老年性痴呆,帕金森氏病,慢性支气管炎,肺心病,糖尿病,骨质疏松病,骨质增生,冠心病,心脑血管病,恶性肿瘤,脏器衰竭,白内障等。过去只有疯狗病,近年来出现了疯牛病、疯羊病、疯猪病、疯鹿病等。‘疯病’都是神经系统,特别是脑细胞的病毒病。但研究者对精神疾病的关注程度还远远不够。”
“人类至今只消灭了一种病毒病――天花。尔后近30年来又出现了16种新的无法治疗的病毒病,近些年来报道的有：玛尔堡病毒病、拉沙热、伊博拉出血热、艾滋病、川崎病、克麦罗沃脑炎、卡累利阿热、罗斯河热、SARS（冠状病毒性非典型性肺炎）等,平均每年增加2～3个新病毒。还有环境因素疾病、文明病、富贵病……”
秦伯益院士强调,我国医学科学研究工作应当切实面向社会发展需要,做那些“有人要、没人搞、我能搞”的选题,在研究中“该引的引、可仿的仿、能创的创”,努力跟踪医学科研前沿,警惕过分提倡创新而导致的创新贬值。
