在史学理论研究中，历史科学研究的层次和结构是很值得探讨的。很多从事理论研究的史学工作者对此进行了诸多探讨，但仁者见仁，智者见智，意见很不一致。
窃以为，如果从理论史学、专门史学（亦可称为具体
先从理论史学说起。这一部分反映的是历史科学研究的总体思维，它涵盖了历史和历史学的各个理论层面，其核心是史学家的历史观。历史是已经逝去的人类社会的各种实践活动及其结果，是人类以往的活动过程和客观存在的遗存；历史学则是历史学家对历史进行科学研究的实践活动及其结果，它与现实世界紧密相联，是已经消逝的人类活动在史学家头脑中的反映，是史学家对以往人类实践活动的重新阐释。关于历史的理论研究，在于把历史学家对人类社会整体发展过程的认识上升为理论认识，或者对其进行哲学层面的思考，如关于人类社会发展有无客观规律的探讨、人类历史发展阶段的演变与更替等。二十世纪后半叶，我国史学界关于亚细亚生产方式的讨论、关于古史分期的论争等，就属于这个范畴。关于历史学的理论研究，包括对史学研究对象即历史客体的考察，包括对史学研究主体（史家）的研究（如主体所处的时代背景、理论认识和思想特征、知识结构等），包括对主体与客体关系的考察，还包括对主体用以研究客体的方法论进行考察。笔者以为，无论历史理论还是历史学的理论，均可以从本体论、认识论、价值论、方法论四个方面进行研究，实际上也正是由于在这些方面认识的视角不同、价值判断互异、使用的方法不一，才使得理论史学领域呈现出流派众多、异彩纷呈的局面。
再看专门史学或曰具体史学。这一部分反映的是史学家对客观历史过程的某一问题、某一侧面进行具体研究的状况，它可以是纵向的过程追踪，也可以是横向的断面考察。以纵向过程追踪而论，如当今国家在历史学科分类中，二级学科设有专门一项，在中国史研究的范围内包括中国政治制度史、中国经济史、中国文化史、中国思想史、中国民族史、中国地方史、中外文化交流史等，此为荦荦大者，其下的三级学科还可以按时代、地区、专题等更加细致地划分。以横向断面考察而论，如中国古代各朝代的断代史、世界历史研究中各地区、各国别的断代史等都是，还可以按具体问题、特定时代和专题进行横断面的研究。这种对人类历史上各种具体事件的追踪和研究，既可以进行纵向发展过程的追踪，又可以涵盖横断面的考察，在纵横交错的时空框架内，反映着史学家对人类历史活动中所产生的各种具体事件的认识、诠释和思考，把那已经逝去的话剧重新演绎给当代的人们看。在现实的历史科学研究活动中，这种具体的专门史学以其多样的视角、丰富的内涵而占有重要地位，各个专业研究机构的不同特点、国内各高校史学研究的强势地位，都在专门史学的层面中得到反映，因而也成为今后历史研究深入发展的广阔领域。
最后说基础史学。这一部分是历史科学研究最重要的层面，是整个史学理论大厦最坚实的地基，它反映的是史学家追求历史真实的努力，包括史料的搜集、整理和考订，基本史实的梳理和复原，史书编纂理论与方法的探讨等。历史学的学科特点决定了历史研究必须充分占有史料，没有或缺少史料是无法进行史学研究的。历史编纂学是整理史料、撰写史书的基本方法，中国古代的历史编纂有着悠久的传统，在史书体例上已创有纪传体、编年体、典志体、纪事本末体以及学案体等，近现代以来随着西方史学的传入和发展，又有章节体史著的出现，史书和历史资料的编纂可谓积累丰厚，以致后人重新修史时在体例上也难以再有好的创见。除了正史之外，还有大量的野史笔记、档案史料、小说家言、私家文集等，浩如烟海。同时随着现代考古学的发展，地下出土的文物资料也不断刷新着人们的视野，充实着历史研究的资料宝库。但上述丰富的历史资料，仅仅是历史的记述和印证材料，它们只有经过历史学家在其历史观的指导下对所占有的资料进行整理、考证、辨伪和加工，纳入史学家的思维系统并被安排在相应的位置，重新进行阐释，才能成为历史研究有价值的内容。这里，史料的真实程度要用考证的方法进行辨析，史实的复原要由史学家的思想活动来实现，历史事件之间的内在联系及其因果关系模型要由史学家的重新阐述来建立，而理论史学和专门史学的发展更要以此为基础，一旦这一部分的真实性出现问题，整个历史研究的大厦也将因之动摇。所以我们将这一部分看作整个历史研究的基础，其他两部分都要建基于基础史学之上，尤其是从事理论史学的研究者，更应该在基础史学部分建立自己的巩固根据地，成为某一方面的专家，然后再从理论上、宏观总体上进行研究和论证，使其思想和理论的建构树立不败的根基，从而避免人们对理论史学的空论之讥。
