新版《鲁迅全集》的修订工作，凝聚了孙玉石、张梦阳、王国绶、刘增人、陈福康、朱正、王世家、韩之友、丁锡根、应锦襄、徐斯年、陈漱渝、王锡荣、裘士雄等专家学者的心血。他们从2001年6月起，历尽艰辛，从
“查出一个错字，就像发现一颗星星那样难”
与1981年版《鲁迅全集》相比，这次修订注释千余条、校勘改动千余处、佚文增收20余万字，这些均是新版《鲁迅全集》的华彩部分。
为什么注释修订如此之多，其中又包含哪些内容？曾担任1981年版《鲁迅全集》中“日记”部分的注释定稿工作，这次又承担了《鲁迅全集》14至17卷的“书信”部分修订工作的陈漱渝先生解释说，“注释的目的是为了更客观、更有学理性地帮助读者读懂鲁迅的文本。”
这次修订的一千多条注释，有些是知识性的，有些是政治性的内容。以前注释某某为国民党反动派走卒，这样的表述比较抽象，有些漫画化也不一定准确，应该根据当时的实际情况进行表述，而不是表述注释者的主观评价。比如注释周作人，先肯定他的文学成就，同时指出他在敌伪时期曾初任华北教育督办。这样就勾勒了人物全人全貌。
张梦阳专家负责修订《鲁迅全集》第2卷。这卷包含《彷徨》、《野草》、《朝花夕拾》、《故事新编》4个集子。这些作品曾都经过鲁迅先生本人仔细的校对。所以，对张先生来说，要想发现一处错讹极其困难。他说:“查出一个错字，就像发现一颗星星那样难。”在《从百草园到三味书屋》一文中，有这样一段文字――“明明见它们进去了，拉了绳，跑去一看却什么都没有，费了半天力，促住的不过三四只。”这里“促住”为“捉住”之误，而且一错就错了几十年。以前，有人认为这是鲁迅的说法，多年来没人怀疑，更没人敢改。
在这次修订中，张梦阳总觉得这个“促”字有些别扭。于是，他查了此文原发处:1926年10月10日第19期的《莽原》杂志，一看是“捉”字。顿时，他真像发现星星一样，喜悦之情难以言表。
张先生说，这个“促”字，在上世纪20年代，鲁迅将《从百草园到三味书屋》一文收到《朝花夕拾》集子里时，就弄错了。
这次新版给改了过来，真是大不易！
此外，张梦阳还发现一处是原刊有错漏，鲁迅已写信告知编辑，但在集子里仍未改过来。即《野草》中的《好的故事》“大红花和斑红花，都在水里面浮动，忽而碎散，拉长了，缕缕的胭脂水，然而没有晕。”这里“缕缕的胭脂水”应为“如缕缕的胭脂水”。此文刊在《语丝》周刊第13期，发表时就漏掉“如”字，在第14期上鲁迅给编者一信中指出漏掉了“如”字。但是，后来《野草》被收到集子里，还是没有这个字。
发现这两处错误，张梦阳花了近一年的时间。他说，搞鲁迅研究，旧报刊是必备的资料，学者不仅要研究现有的书籍，更重要的是从原刊上下功夫。
孙玉石先生曾参加1981年版《鲁迅全集・坟》的注释工作。这次他负责第1卷的《坟》、《热风》和《呐喊》的重新修订。经过他努力翻阅原始资料，仔细核校相关文字，最后共校勘出各种差异、错讹、更动的文字及重要标点，约127处(包括注释部分)他说:“鲁迅是一个世纪经典文化的代表，应该有完善的本子。这次校勘工作前进了一大步。”
新版《鲁迅全集》收录了新发现的鲁迅佚信18封。陈漱渝介绍说，这18封信都是第一次发现，虽然没有很重要的文章，但非常有价值。这些都是研究鲁迅的第一手资料，再现了“五四”新文化运动历史原貌，从中我们可以看到鲁迅帮助胡适增删诗词等内容。
两大争议得以妥当处理
在增收的书信中，鲁迅致许广平的《两地书・原信》和鲁迅、茅盾联名致中共中央祝贺红军东征胜利的电报，引起了专家学者的极大争议。
此次修订，在收录《两地书》的同时，将《两地书》的原信按时间顺序与鲁迅的其他书信一起编入书信卷，还原1925年至1929年间鲁迅与许广平的通信原貌。这样既保存了《两地书》作为独立版本的完整性，又能使读者看到鲁迅原信的原貌。
但有的专家认为，《两地书・原信》，与《两地书》大同小异。两者均收录全集中则显得重复。并且，信中所反映当时的真人真事、指名道姓，有不妥之处。
赞同收录的专家则认为，《两地书・原信》完整刻画出鲁迅和许广平的性格和感情，是两人爱的见证、共同创作的作品。
双方争议很大。为此事在北京八大处专门开了两次编委会，有的专家争论得还拍了桌子。
陈漱渝先生认为，修订后《两地书》可以视为创作，是一种文明批评和社会批评。现在这样处理比较好，《两地书》原始书信是两个恋人通信的原生态，个别文字虽然芜杂，但细节更为丰富、更为真实，为编纂鲁迅年谱、传记提供了第一手资料。鲁迅是最无隐私的作家。他的日记、生活记录，没有不可告人的。
另外，在社会上流传很广的鲁迅、茅盾联名致中共中央祝贺红军东征胜利的电报一事，如何处理也令专家们费尽心思。
一些专家认为，新版《鲁迅全集》不应收录此电文。因为电文文字风格与鲁迅手笔完全不同，而且也没有证据表明此电经过鲁迅审阅。
赞同收录的专家则认为，鲁迅、茅盾联名给中央写信确有其事，这封信具有很重要的文献意义，是鲁迅生前一次重要的政治表态，应该在全集中得到反映。
最后，修订本将这电文编入书信卷附录，作为史料，便于读者查找。
张梦阳认为，此信放在附录里是对的。因为具体谁起草的我们不得而知。现在认定是鲁迅、茅盾所写，那只是间接证明，还没有获得直接的证据。
孙玉石、王世家先生也持此观点，他们认为当时鲁迅已病得很厉害，不可能亲自写信。既然不是鲁迅所写就不应收录。
陈漱渝认为，那时有人建议鲁迅、茅盾表态，这封信符合鲁迅当时思想实际和政治态度。但此信不是他的手笔，“三呼万岁”更不是鲁迅的文风。最后，这样处理较为合适。
