创新之一，该书提出中国近代思想史的研究对象是由中国近代所面临的主要任务决定的。中国近代所面临的主要任务，一是民族独立，使中华民族从西方资本主义列强亦即后来的帝国主义的侵略和压迫下解放出来；二是社会进步，实现中国社会从传统向近代的转变。因此，该书以晚清不同时期的中国人围绕近代中国所面临的民族独立与社会进步这两大任务而提出的各种思想、观念和主张及其争论或斗争而展开，其他中国近代思想史著作通常所写入的哲学史、文化史、学术史等内容，除与研究的主题有关外，一般不涉及。以晚清不同时期的中国人围绕近代中国所面临的民族独立与社会进步这两大任务而提出的各种思想、观念和主张及其争论或斗争为研究对象，从而较好地解决了学术界长期未能解决的思想史与哲学史、文化史、学术史等中国近代史的其他分支学科的分界问题，对推进晚清和中国近代思想史的研究有积极意义。
创新之二，该书对学术界通行的将1840年作为中国近代思想史起点的观点提出质疑，认为晚清或近代思想史从鸦片战争开始写起，“割断了思想上的内在联系，使前一时期的思想成了无终之果，而后一时期的思想则成了无本之源，思想的连续性被人为地中断了”。基于此种认识，作者将晚清思想史的逻辑起点确定在嘉道年间，认为“嘉道年间复兴的经世思潮使中国传统思想具备了向近代转型的可能性，而发生于此时的鸦片战争，又给经世思潮注入了新的内容，从而使这种可能性成为了现实性。正是在嘉道年间，中国传统思想开始迈出了向近代转型的第一步，并对晚清思想产生过重大而深远的影响。”在这一观点的指导下，该书跨越了作为中国近代政治史开端的1840年，用一定的篇幅考察了嘉道年间的社会危机以及在社会危机的强烈刺激下复兴的经世思潮。应当说，作者的这一认识是深刻的，强调思想发展的内在逻辑，对于思想史分期的确定具有重要意义。
创新之三，以近代思潮的演化脉络为经，以主要思想家的思想和活动为纬，经纬交织，一方面以思想家的思想来见证思潮的演化，另一方面以思潮的演化来加深对思想家思想的解剖。如在谈到洋务思潮时，作者既论述了洋务思潮的形成、演变及其主要内容，也不乏对重要洋务思想家冯桂芬与《校?庐抗议》的深入剖析；在论及早期维新思潮时，作者不惜笔墨，用很长的篇幅阐释了何启、胡礼垣的《新政真诠》以及在维新思潮中的地位。在讨论20世纪初的启蒙思潮时，不仅论述了维新思想家和资产阶级革命派的启蒙思想和活动，还辟有专节讨论梁启超的“新民说”、康有为的“大同”世界和“严译名著”及其影响。同样在关于维新变法思潮、民主革命思潮、君主立宪思潮的研究中，无不贯穿着重要思想家的思想与活动。如此写来，一部晚清思想史有血有肉，克服了此前的相关著作的诸种弊端。
创新之四，该书在结语部分，以近6万字的篇幅对晚清留下的思想遗产做了认真梳理，认为晚清给后人留下了三笔重要的思想遗产，即：反对侵略的爱国思想、对民主与科学的追求、“振兴中华”的使命感。总结晚清或近代的思想遗产，这是研究晚清或近代思想史的重要目的之一，然而此前研究近代思想史的著作却缺乏对这一问题的集中论述，可谓是该研究中的一大缺失。郑大华教授不仅提出了这一问题，而且做了深入的、有益的探讨，这无疑是对晚清或近代思想史研究的一大贡献。
