近8万人的师生员工来自6个有着不同历史渊源的学校，从整合到融合，再到“和谐吉大”的提出，吉林大学倡导的是精神上的认同和思想上的归属。
于是，在千头万绪日常工作的同时，吉林大学于2003年启动了现代大学精神研究。
学校的学者先后研究了从启蒙时代到工业革命时代再到知识经济和全球化时代大学
校党委书记张文显说，要以此来引领师生员工，自觉地把思想认识从那些不合时宜的教育理念、大学观念和管理制度的束缚中解放出来，从妨碍学校融合与发展的校区情节中解放出来，从抑制学生自由而全面发展的狭隘的教学模式和工作模式中解放出来，并用来消解合校之后不可避免存在的文化冲突，惟其如此，新吉林大学才有可能实现由“大”到强的涅磐。
大是现实，强是目标。从大到强，除了精神上的动力，靠什么？2003年初冲击中国的非典明确了吉林大学的制校战略――那就是依法治校。
8万人的安全都在一个校园里，非典时期的吉林大学面临着考验。当战役结束时，学校党委被中共中央组织部授予“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”称号，是被表彰的全国两所高校党委之一。“抗击非典的斗争是依法治校的一次实践，我们是在依法治疫。”防治非典期间吉林大学共出台了60多个文件来引导防治工作。依据这些文件，学校处理师生员工21人。也正因为此，吉林大学5.7万名学生没有一人在校感染非典。
非典也引发了吉林大学的思考――多学校合并、多校区办公，靠什么维持正常的秩序？是靠建立在民情、民意、民智基础上、符合高等教育规律、符合学校实际情况的规章制度，也就是要依法治校。
在吉大，依法治校的基本方略很明确，即通过依法治校，把学校以及各个职能部门的权力纳入法治的轨道――依法授权、依法行权、依法接受制约和监督，维护师生员工的合法权益，保障师生员工参与学校管理，保障学校各项事业健康有序进行，从制度上保障实质性融合，维护学校的安定团结。
2003年11月，吉林大学成立了我国高等院校第一家依法治校领导小组，下设政策法规办公室，办公室还是正处级建制。吉林大学还有一个其他高校很少见的机构――信访办，为的是“要创造一个人人都可以质疑的地方。”于是，依法治校和民主管理成了吉大的“双飞翼”。
法，需要有章可循。在出台一系列的规章制度后，吉林大学又进行了更高层次的探索――着力构建现代大学制度，全面推进高水平大学建设。
吉大从2004年开始全面启动了现代大学制度研究，并把这个问题作为依法治校的重大主题。2005年12月29日，校长周其凤签署了《关于公布〈吉林大学章程〉的决定》，宣布吉林大学第12次党代会已经通过，并将在2006年1月1日正式施行。
“这是一部真正法律意义上的现代大学章程”，在解读章程时，张文显说：“它是一个宣言，旗帜鲜明地宣示学校的办学理念、办学宗旨和领导体制、组织架构以及各个主题的权利和义务。同时，它是学校最基本的组织规程，是学校的基本法。制定大学章程，是建立现代大学制度的奠基之作。”
