做好课程内延更新和外延拓展
创新来源于厚实的基础知识。基础知识是本，
在创新课程的设计中，要坚持“强基础、宽口径”的大学生培养模式，加强不同专业、学科之间的交叉和融合，引导学生开阔视野，寻找不同专业、学科知识间的联系，形成知识体系的整体观念。各课程之间要相互开放、相互融合。通过“显性教学”（专门的课程）和“隐性教学”（通过教学内容改革使新的知识隐含在相关课程中）拓展基础知识并加强基本能力训练，促进学生的专业知识结构由单一型向复合型转变。既重知识逻辑结构又重知识发展的历史过程，既重知识纵向更新又重知识之间的融合和应用。这有利于大学生知识的掌握和运用，有利于在多科知识的结合点上发现联系或空白，有利于了解学科发展的世界趋势，掌握未来变化的规律，有利于学生创新能力的发挥。
大学的责任，不仅要培养大学生的专业能力，还要培养大学生的人格和理想。大学文化是大学生生存和发展的内在力量，建设起先进的大学文化，也是大学创新课程设计需要把握的一个重要方面。在创新文化的建设方面，要建设有利于创新和创新人才培养的文化环境，推动有利于创新文化的大学文化和社会文化建设。要创造良好的环境和条件，让大学生理解和继承已有的传统和成果，体验和实践未知的探索和发现。在创新课程的设计中，要设置一些专题促进大学生与学科大师的思想交流，这些交流容易使大学生产生火花，领悟对科学的直觉和洞察力。
传达科学方法和批判精神
日本的“第三次教育改革”将教学过程延伸到科学研究和社会实践中去，让学生在科学实验和社会生产中去学习科学技术知识。美国许多大学则开设了一系列专门训练和培养大学生创造能力和创造方法的课程，如学科研究方法论、创造技能、智力与创造力训练等。这些做法对我国创新课程的设计有很好的借鉴作用。
对于科学家来讲，强调的就是求新求异，特别是基础研究更是这样。爱因斯坦说想象力比思想更重要，因为想象力是无穷无尽的，作为创新人才来说需要很强烈的直觉。
创新课程的设计，要着眼于学生的发展、注重学生学习能力培养和强调科学方法教育，注重挖掘学生本身具有的强烈的直觉力、想象力和灵感，使学生适应学习化社会的客观要求；在设计课程中注重研究方法和研究技能的训练，训练学生的灵活性思维、求异型思维、发散性思维和逆向思维；培养大学生寻根究底、孜孜以求的探索精神，不轻信、不盲从、不唯书、不唯上的怀疑精神，要让学生具有很强的批判性，敢于挑战权威；开发他们思维的灵活性、敏捷性及变通性，激活他们的创新潜能和创新的主动性，掌握创新思维的策略，为大学生的创新能力提高打下基础。
坚持以大学生为本
创新课程设计要从以专业为本转向以大学生为本，着重考虑大学生的发展，致力于培养富有创新精神和创新能力的卓越人才。在创新课程的开设方面，要遵循大学生培养的规律，充分考虑到不同层次、不同阶段教育教学的特点，在内容和形式等方面精心设计。
任课教师对大学生非常了解。在创新课程的设计中，要发挥好任课教师的课程能力。在创新课程设计中要分析学生的需求，做到因材施教，避免用划一的内容对待个性不同的学生。斯坦福大学在这方面有着很好的尝试。1999―2000学年，斯坦福共开设5735门本科课程，其中21%为只有1名学生的课程，52％为只有8名及不到8名学生的课程，75％为只有15名及不到15名学生的课程。这种课程设计有利于培养学生的创新能力。
创新课程的实施必须在开明、平等的氛围中才能实现。中国科技大学党委书记郭传杰曾说“在科学院包括在大学里面大家都是很平等的。我们强调宽松的同时，也强调严格，严格、严谨、严明，宽松，宽容、宽厚。宽是对人，严是对事，对人是宽。”
在创新课程的实施中我们必须坚持以大学生为本，不能把学生看作消极的被管理对象，而是要解放学生的内部力量，发掘学生的生命潜能，把每一个学生都看作具有创造潜能的主体、具有丰富个性的主体，为学生生命的充分发展提供一个广阔、自由的空间，要启迪大学生创造性思维和创造性人格的发展。
