从“五个阶段性特征”到“七个确立”
2003年底，学院从以学历教育为主向以任职教育为主转变，从以培养学术型人才为主向以培养应用型人才为主转变。围绕“两个转变”，教学改革进入攻坚阶段，各种困难和矛盾日见突出。学院党委“一班人”通过科学分析，将学院建设形势总结为“快速发展期、复合发展期、整体转型期、重要机遇期、矛盾凸显期”五个阶段性特征。经过全院办学思想大讨论，他们从指导思想、教育观念、办学目标、教改原则、办学模式、学科定位等方面，形成以“七个确立”为核心的《南京政治学院办学思想》，进一步明确主动适应军队思想政治建设的需要、主动适应军队信息化建设的需要、主动适应军事斗争准备的需要，坚持面向全军、面向部队、面向战争的教学观，以人为本、提高能力、全面发展的人才观，立足现实、瞄准前沿、注重创新的发展观，实践办学、开放办学、合力育人的培养观。
让科学发展观成为教学主题和灵魂
这个学院把科学发展观纳入教书育人的全过程和各个环节。
他们充实现有课程教学内容，把突出以人为本、经济社会发展与人的全面发展相统一等作为教学重点，深刻剖析建设社会主义新农村、建设创新性国家、建设资源节约型和环境友好型社会等重点、难点和热点问题，突出党的发展思想，着力讲清“科学发展观反映我们党对发展问题的新认识、对社会主义现代化建设指导思想的新发展”等重要思想，全面阐发胡锦涛主席关于国防和军队建设贯彻科学发展观的重要论述。
他们开设一批新课程和专题，按照科学发展观提出的一系列新思想、新观点、新论断，对全院各类人才培养方案和教学计划修订完善。他们全面梳理老教材，同时编写与新课程相配套的新教材。学院的“科学发展观文献资料库”初具规模，为全军官兵共享。他们加强理论研究，为教学“强筋健骨”。学院通过组织对重点、热点、难点问题进行攻关，确保科学发展观教学内容的系统性和前沿性。学院专家教授们对科学发展观的研究成果进入学院建立的“科学发展观文献数据库”，为全军官兵共享。
为战斗力生成服务是第一要务
按照“突出主干学科、巩固基础学科、发展急需学科、加强特色学科”的总体思路，学院先是对传统学科“升级换代”，接着集中优势兵力进行跨学科攻关。通过发展马克思主义理论教育、军队政治工作两大支柱学科；强化军事哲学、军事思想与军事历史、战时政治工作等特色学科；扶持军事斗争准备急需学科，形成了满足教学需要的学科专业群。通过整合军队政治工作和军事信息管理两个学科的资源，开创具有重要军事应用价值的全新专业方向――政工信息化，承担全军政工信息化方面的重要课题研究和人才培养任务，受到军委、总部首长肯定。他们调整设置10个研究所，增建40多个教研室，将军事与科技课程的教学比重提高到30%左右，近百门服务于部队建设和军事斗争准备的课程和专题进入课堂，实现课堂与战场对接。他们在南京军区等一线部队增建13个教学实践基地；每年安排30多名教员到部队代职，组织上百名教员到部队调查研究，42名师团主官和地方专家走上讲台，成为学院兼职教授。
学院在科研课题立项、评比奖励等方面，注意向应用性、对策性研究倾斜，通过跨院区、跨学科的联合攻关，完成34项国家和军队重点课题，近百项成果直接推向训练场，有的填补了我军训练空白。
变劣势为优势，化优势为强势
院党委以科学发展观为指导，变劣势为优势，化优势为强势，形成了双轮驱动、协调发展的良好局面。
针对任职教育和学历教育“一肩挑”的实际，他们进行“一体化”设计，在办学思路、教学科研、资源配置等各个方面，注意把学历教育办学规范、理论性强、学术氛围浓厚等优势，转化为开展任职教育的新优势，确保学员既具有厚实的理论基础，又具有较强的发展后劲。
他们优化南京和上海两地办学资源，统一规划论证整体条件和重点学科，避免重复建设；在教学科研力量上统一调配使用，抓好重大课题的联合攻关；在信息资源建设上统一软件平台，实现资源共享、优势互补。
到实践中变理论为能力素质
学院利用建在全国的40多个教学实践基地，既让学员经历风雨，锤炼成才，同时不断检验和完善教学体系。学院紧贴部队建设实际开设课程，破解部队思想政治建设中的难题，不断提出指导部队建设又快又好地发展的新思路，新办法。
新闻链接：解放军南京政治学院地跨南京与上海两个都市，担负全军政工人才培养、政治理论创新以及为军委总部提供决策咨询职能，是全军政治工作人才培训基地和政治理论创新基地。建院30年来，学院为全军培养输送3万多名各级各类人才（全军80%的宣传处（科）长、院校90%的政教室主任是这里培养的）。尤其是军事新闻传播系，20年培养人才2400多名，被誉为“军事记者摇篮”。
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