三年清欠工作像一场歼灭战，不仅把2003年底前拖欠的农民工工资基本还清，还偿还建设领域历史拖欠工程款1834亿元，占2003年底前竣工项目拖欠总额98.6%，其中，政府投资项目拖欠的705亿元已偿付99.3%。
清欠工作既实实在在地解决了大量长期积累的历史上拖欠工程款和农民工工资的问题，使广大农民工的合法权益
――农民工工资支付的制度体系得到健全和规范。在各地的清欠工作中，优先解决拖欠农民工工资问题。对拖欠农民工工资，不管工程款是否足额到位，用工单位必须先偿还农民工工资，总承包单位负全面责任，总承包单位资金困难的，建设单位先行支付，保证了拖欠工资的及时偿付。各地严格执行按月支付，建立农民工工资支付监控和保证金等机制。北京市全面推行农民工实名制管理，为农民工发放具有个人基本信息和金融服务功能的双介质卡，农民工个人信息用于管理，金融信息用于工资发放；天津、福建等省市积极推行农民工工资卡和工伤保险制度，改善农民工生产、生活条件。
――建设资金监管更加严格。各地通过加强对工程立项、规划、施工许可的审批，阻止了一批建设资金没有保障或业主有拖欠行为的新项目的开工建设，一些超过规定标准的市政项目也已经暂停施工，重新论证修改，在一定程度上遏制了脱离实际搞“政绩工程”、“形象工程”的风气，有效控制了投资规模过度膨胀等问题。2005年以来，全国有2/3的省会城市和计划单列市开展了政府投资项目建设组织实施方式改革，在全部或部分项目上推行了代建制。――改进社会信用征集体系建设，完善建设市场监管体制。目前，近80%的省（区、市）建立了“失信单位名录”，并对失信单位在立项、规划、施工许可、贷款、土地拍卖、竣工备案等市场准入与清出方面予以惩戒。
――建设工程质量保险产品问世。建设领域普遍存在以质量保证为名扣留工程质量保证金、变相拖欠工程款的行为，要解决这一问题，需要建立一种合理的工程质量风险管理制度。保监会提出了在建设领域引入商业保险机制、用保险代替质量保证金参与工程质量风险管理的具体办法，建立和制定了建设工程质量保险制度，已在14个城市开展试点工作。
――健全农民工维权援助机制。从2004年到2006年上半年，全国共办理农民工请求支付劳动报酬法律援助74680件，受援助农民工共119504人次。
