在综合分析世界科技发展趋势和我国目前所处的历史阶段的基础上，我国作出了2020年进入创新型国家行列的重大战略决策。要建设创新型国家，全民族的创新精神、高水平的创新人才、有利于自主创新的促进机制都是不可或缺的因素。而作为为全社会创新发展输送各种专业化人才、为全民族文化素质提高引航筑路的中国高等院校
随着社会、经济变化，高校也必须向着适应经济社会发展需要、适合社会主义市场经济体制的方向发展并不断变革。但是，在这种历史性的变革时期，有一小部分高校却出现了创新意识不够、创新能力不强、创新效果不佳的局面，这些不良局面的形成与高校中各种体制改革中存在的诸多问题息息相关。
建设合理的学科投入结构
在高等教育的管理体制改革过程中，很多高校将学校建设的重心放在硬件设施的建设上，对资金的追求不断膨胀，越来越多的高校管理人员不得不将大量的资金和精力放在创收活动当中，而在科学前沿领域原创性、基础性重大创新方面以及为全人类贡献方面作为不多，究其原因，在于更多的资金被用于硬件设施的建设上，真正用于科学研究投入和教学研究投入的资金规模和比例被压缩，影响了对创新实现的投入，创新产出也就出现不足。我们目前关心最多的是教育投入总量的多少，而不是教育投入的结构是怎样的。其实，总量的攀升，不代表投入结构的合理。要改变这一局面，必须从高校的管理体制上有所创新和突破，不仅要加强政府对高校的监管能力、改变政府监管手段，从直观的教学和科研效果指标来衡量高校的发展水平，还应当注意对高校财务制度的建立健全的关注和投入；不仅关注高校现有的资源和能力，还要重视可以保障高校可持续发展的各种潜力，以及可能影响高校发展的诸多不确定性因素和危机的存在。还要实现高校建设考核指标的进一步科学化、标准化，落实高校校长问责制，强化对高校的财务监督和约束能力。
建立科学的教研管理体制
高校中的教学管理体制的缺漏造成了高校创新能力培养质量不高的问题。“学术自由”应该是高校办学的基本理念，也是创新思想实现的根本途径，“学术自由”，主要包括学与教的自由、科学研究的自由。在我国很多高校，陆续实行了学分制来保障学生自由选择的权利；实行学术研究制为教师教学自由和科研自由提供制度上的保障。但是，制度是需要不断补充和强化的，在制度的制定和实行之初都会存在和诱发一定的不良现象和问题。对于学生而言，实行学分制不仅可以保障学生能够按照个人的成长特点选择最佳的学业设计，也可以根据学生自身的成长需求灵活的调整课程安排、学习方式，应该说，学分制的实行为学生的创新能力培养和创新精神塑造都提供了良好的土壤。但是由于学分制在施行过程中缺乏严格的条件约束，很多高校没有能够提供给学生必要的学习指导，学生选课缺乏目的性、系统性和针对性，过度追求数量、相对忽视质量，进而降低了学生创造性的激发和发挥。另一方面，对于教师而言，实行了学术研究制的主要目的是促进教研结合，通过科学研究提高教学水平、通过教学研究开拓科研视界。但是由于学术研究制的相应规则和制度上的限制，造成了教师对科学研究的一种总量追求，而忽视了研究成果的创新水平和现实意义。一些高校教师将越来越多的精力放在这种缺乏实际意义的科学研究上，放松了对教学研究和科研实践的投入，结果是降低了教学的质量、影响了教学目标的实现，对学生的创造性和主观能动性的激发和培养都产生了不利影响。因此，这种教学管理体制的问题，直接影响到高校创新质量的高低。我们应当尽快提高教学管理水平、不断进行教学管理体制的创新，为学生、教师创造一个良好的教、研、学创新互推的循环系统。
强化科研诚信机制
科研不诚信是最影响教育形象、降低教育效果的一种形式。这种形式的存在，应该说与我国近年来在高校中进行的科研管理体制改革本身存在的诸多问题是不无关系的。这种现象在高校中主要体现在两个方面：一种是学术成果抄袭的现象。各高校为了鼓励教师和科研人员的科学研究，纷纷制定了科研奖惩办法和规定。正是这些缺乏弹性的奖励和惩罚机制的存在，造成一些高校科研人员进行学术抄袭和侵占，这也是目前国内一些研究课题学术水平下降、学术成果质量不高的重要原因之一。在这样浮躁的科研氛围之中，不仅教师失去了科研创新的动力，学生也会被耳濡目染，未来将由他们主导的科研课题将可能出现与此相似的情况。第二种现象就是学术腐败。近年来，由于科研项目审批权过于集中于某些部门，再加上一些项目申请不透明、科研人员待遇和项目挂钩，在一些地方出现了“科研老板”，他们把科研变成了经营，奔忙于申请项目，至于项目成果的质量高低、原创性内容的比重、社会的实用性的大小都被他们所忽视，因此，在这样的学术背景下所从事的科学研究其意义就要大打折扣。要想彻底解决这些问题，科研激励制度的合理设计、科研计划的合理下达和科学的监督机制都是十分必要也是必须的。
教育的力量是巨大的，它能够为创新带来的推动力不仅仅来自于科学研究，更重要的是对人口素质的影响和人力资本的塑造。因此，高等院校作为国民系列教育中的重要组成部分，其体制改革过程中的创新能力的提高，会极大地推动创新型国家的建设及其目标的实现。
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