明朝万历年间孙羽侯首倡编纂《儒藏》之议。稍晚曹学?亦“尝谓二氏（释、老）有《藏》，吾儒何独无？欲修《儒藏》与鼎立。”清朝乾隆年间周永年撰《儒藏说》，后乾隆有编修《四库全书》之举。
20世纪九十年代，汤一介教授重提编纂《儒藏》之议。2002年10月，北京大学决定整合文科院系的力量，并联合有关高
至2003年，逐步确立《儒藏》工程基本思路：先编精华编，后编大全本；既要对儒家典籍作系统编纂，又要对儒家文化作全面研究；文献按四部分类，经校勘、标点，以繁体、直行排印；最终制作便于检索的电子文本等。该年12月，教育部正式批准以汤一介教授为首席专家的“《儒藏》编纂与研究”方案作为哲学社会科学研究重大课题攻关项目立项。
2004年6月，“《儒藏》精华编”列入国家社会科学基金重大项目。同月，北京大学《儒藏》编纂中心成立。该年4月和8月，北京大学两次召开《儒藏》编纂与研究工作会议，来自全国20多所高等院校和学术机构的专家学者出席会议，并达成合作共识。
2006年4月，《儒藏》精华编编纂委员会第一次全体会议举行，经协商，组成以季羡林先生为名誉总编纂，以汤一介（首席专家）、庞朴、孙钦善、安平秋先生为总编纂的《儒藏》精华编编纂委员会，研究并形成《儒藏》精华编编纂体例及选目等文件。同年6月，《国家哲学社会科学研究“十一五”规划》公布，强调在“十一五”时期，要推进《儒藏》编纂工程。
自2006年开始，北京大学分别与日本东方学会暨二松学舍大学，韩国成均馆暨成均馆大学，越南河内国家大学协商合作编纂《儒藏》“域外文献”。2007年5月，《儒藏》精华编第104册“论语之属”、第281册“出土文献”正式出版。
自2004年起，《儒藏》工程每年都召开编纂工作及学术研讨会，开展跨学科、跨学校、跨部门、跨地区以及国际性的合作攻关。
2009年1月，教育部专门召开《儒藏》工程工作会议，以推动《儒藏》的编纂与研究。同年4月，北京大学邀集中、韩、日、越等国学者，协商并落实《儒藏》域外文献的编纂工作。
至2009年8月，《儒藏》精华编已出版30余册，9卷本《中国儒学史》也即将面世。
