贝时璋1903年10月10日出生于浙江镇海县（今宁波市镇海区）的一个贫苦家庭。1921年秋，毕业于上海同济医工专门学校（同济大学前身）医学预科。同年，赴德国留学。先后在弗赖堡大学、慕尼黑大学和图宾根大学动物
1929年，贝时璋回国报效祖国。1930年，他创建了浙江大学生物学系并任系主任，后兼任理学院院长。1948年，贝时璋当选为中央研究院院士。1949年起，参与中国科学院生物学科各研究所的筹建工作，并于1950年出任实验生物研究所所长。1954年起，担任中国科学院学术秘书处学术秘书，参与筹建中国科学院学部和学部委员遴选工作。1955年被选为首批中国科学院学部委员（院士）。1958年，创建中国科学院生物物理研究所并任所长，创建中国科学技术大学生物物理系并任主任。曾任中国科学院研究生院生物学教学部主任、中国动物学会理事长和名誉理事长、中国生物物理学会理事长。贝时璋院士是第一届至第六届全国人大代表及第三届至第六届全国人大常委会委员，《中国大百科全书》总编辑委员会副主任和《生物学卷》编辑委员会主任。
贝时璋一生获得过5个博士学位。1928年在图宾根大学获得他的第一个博士学位,后鉴于其长期在科研第一线工作并取得卓越成就，他的母校德国图宾根大学又于1978年、 1 988 年、2003 年和2008 年4 次授予他荣誉博士证书，令他取得了举世无双的殊荣。
2003年，国际小行星中心和国际小行星命名委员会正式批准将中国国家天文台于1996年10月10日发现的、国际永久编号第36015号小行星命名为“贝时璋星”。
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