就在美国航空公司所属的那架航班撞向世界贸易中心大楼之前几分钟，飞机的驾驶舱里突然传来一个声音：“请大家都别动，我们正在返回机场。不要做出什么愚蠢的举动。”显然，这个身份不明的声音是由一名劫机犯发出的，而飞机与塔台控制人员间的通话录音恰巧捕捉到了这段话。10月16日，美国《纽约时报》将获得的这段录音文字予以了披露。这些最新的录音记载帮助人们更详细地了解了当时飞行管制官和其他官员听到这些通话后才开始意识到9月11日上午有几起劫机案正在发生之中。
根据美国航空公司编号为11的航班的通话录音记录，当时，这架飞行中的航班的无线电突然神秘地保持着静默，于是一位地面塔台的控制官不断呼叫该机回答。就在那时，他听到该机驾驶舱里传来一个声音，告诉乘客不要走动，说：“我们有几架飞机，请保持安静，你们不会有问题。我们正在返回机场。”控制官感到很纳闷，问道，“谁在呼叫我？”没有回答。接着他又听到这个声音：“大家请别动，我们正返回机场。不要做出什么愚蠢的举动。”
那个说话的男子当时使用了受驾驶员和空中管制官监视的频道在讲话，显然他以为他是在跟机上的乘客讲话，或者就是由于其中一位机组人员启动了无线电麦克风。
即使是另一架撞向世贸中心大楼的联合航空公司的175号航班的机组人员也听到了11号航班上这种不大对头的声音。
据悉，联合航空公司的那架飞机是在当天早晨8时14分离开马萨诸塞州的波士顿前往加州的洛杉矶，也就是在11号航班离开同一机场后14分钟起飞的。当11号航班保持无线电静默后，一名空中交通管制官员曾要求其他的驾驶员协助寻找，175航班的驾驶员于8时41分予以了答复。
“当我们离开波士顿时，我们曾听到一个可疑的通话。”那位驾驶员报告说。“听起来就像是有人在调节麦克风的音量似的，说：‘大家都呆在自己的座位上。’”
5分钟后，175号航班成了下一个牺牲品：它飘浮不定地作了个空中转弯，偏离了原定的航线，并关闭了与地面的通讯。“没有无线电发射机在应答，一点都没有，也没有人与他通话。”一位飞行控制官说。
8时50分，一个不明身份的飞行员通过普通频道说：“有谁知道曼哈顿下区上空的那团烟雾是怎么回事？”原来，11号航班当时已经撞上了世界贸易中心北面的那幢大楼。几分钟后，175航班撞上了另一座大楼。
与此同时，美国航空公司编号为77的航班在从华盛顿飞往洛杉矶途中，坠毁在五角大楼一角，该机是早晨8时56分与地面失去无线电联系。“我们呼叫航空公司，他们也无法联系上他。”一位空中管制官说。
《纽约时报》说，联合航空公司那架93号航班，即第4架被劫持的飞机，显然在其这趟交了厄运的飞行中收到了航管最初发出的劫机警报。它于上午8时42分从新泽西州的纽瓦克起飞，预定飞往加州的旧金山。
当联航175航班被确认遭劫持后，位于芝加哥奥哈尔国际机场附近的联航控制中心的调度员曾向他所监视的飞机，包括93号航班发出了信息。这是通过无线电发射的文本信息——黑色背景下的绿色字母：“注意，驾驶舱闯入。”
其中一位驾驶员显然转向载有芝加哥发出的警报电子邮件的装置，按了一个屏幕显示的键，打了一个“已确认”的字母，即已有人闯入。然而，等美国空军F－16战斗机从佛吉尼亚汉普顿兰利空军基地紧急飞抵出事空域时，飞机已经坠毁了。
9时28分，首次传来93航班也遭劫持的信号，从背景声音中可以听到驾驶舱中嘈杂的声音，这架班机于上午10时10分坠毁在宾夕法尼亚州西部的田野里。人们一直推测，那架飞机上的乘客一直与劫机者搏斗，设法让飞机在快要撞向位于华盛顿的原定目标之前坠地。
