孙小虹1991年出任昆明市中级人民法院院长，41岁官居副厅级。在孙小虹的任内，创造了中国法院系统的多个第一，昆明中院以多项突破性改革在司法界内声名鹊起。1997年，该院在中国第一个试点注射死刑；同年将测谎仪引入实践；创设了中国法院中第一个执行工作局，破解执行难之弊；昆明中院还在全国第一个开办“法庭直播”节目。1998年，孙小虹由昆明市中级人民法院院长升任云南省高级人民法院院长，由副厅级直升副省级。
“他在这个位置上只坐了一年零四个月。”云南省高院一位法官说，孙小虹给他印象很深。此前的省高院是“一潭死水，没有生气”。所有的中高层位置都被上了年纪的人占据了，很多事情很难推进。孙小虹开始大刀阔斧搞改革，将一批年轻有为者推上前台。
1998年3月，新上任的孙小虹来到中缅边境的德宏州瑞丽市考察工作。他在德宏州的领导陪同下进入缅甸境内的木姐观光，在一家汽车市场，孙小虹看上了一绿一白两辆丰田吉普车。
同年6月，在打击走私行动中，这两辆车被查获。经海关核算，这两辆车共偷逃税款63.7万元。1999年12月7日，中纪委发布通报，给予孙小虹撤销党内一切职务处分。在通报中，中纪委列举了孙小虹“走私汽车，购买、乘坐超标准小汽车，隐瞒巨额收入，用诉讼费乱发奖金和福利”四项违纪违法行为。
孙小虹重新站在前台，应该始于2002年5月，他出任2002年昆明交易会组委会委员，此时他的正式头衔是云南省外经贸厅副厅长。当年10月，孙被任命为外经贸厅党组书记。
2003年1月22日，云南省十届人大常委会第一次会议通过一份任免名单，孙小虹被任命为外经贸厅厅长。此时，距该省人大常委会免去孙小虹省高级人民法院院长职务三年多一点。舆论对他大起大落又东山再起的背景进行了探究，质疑“咸鱼翻身”现象的合理性与合法性。但云南政界并不对孙小虹的起落有太多的惊讶。
云南省外经贸厅一位官员评价孙小虹是“特别想干事，也能干事”。“他周末很少休息，经常把我们叫起来开会商量工作的事”。孙小虹实际接掌外经贸厅之后，很快使云南外经贸走出了“9·11”事件的阴影，“结束了云南外经贸5年来徘徊的局面”。
云南省委组织部有关负责人说，孙小虹的任命适逢云南干部换届，是完全按照干部选拔任用程序，并由省委讨论后，经法律程序任用的。他说，我们党的政策是，允许干部犯错误，也允许干部改正错误。（《深圳法制报》2003.8.29）
