1999年，一份《关于在建设三峡水库同时抓好长江上游水质污染整治工作的意见》由农工党提出，呈送中共中央、国务院。在社会各界共同努力下，三峡库区与“三河三湖”一起列入国家生态环境保护和建设的重点地区。
2001年，农工党十三届中央主席蒋正华赴重庆考察，《关于三峡库区重庆段库底清理工作的建议》在考察后呈送到中共中央、国务院，三峡清库工作得到各级政府高度重视。
2005年，农工党中央递交《进一步加大三峡库区水污染防治力度的建议》。环保是三峡库区产业发展的首要前提，建议中提出要开发水资源再生利用系统，创建废水“零排放”企业。
2008年，全国人大常委会副委员长、农工党中央主席桑国卫，全国政协副主席、农工党中央常务副主席陈宗兴率团深入三峡库区调研，提出的关于做好三峡库区后续工作的建议和关于在库区发展绿色产业的建议，受到中共中央和国务院领导同志高度重视。
2009年国务院库区后续工作规划编制工作正式启动，农工党中央领导赴重庆调研，向中共中央、国务院报送了《关于加强三峡水库后续管理工作，建设和谐稳定新库区的建议》，中共中央和国务院领导同志对此高度重视。
