“文化大革命”开始时荀慧生还没明白过来是怎么回事，就成了“牛鬼蛇神”、“反动权威”、“残渣余孽”、“三名三高”、“反党分子”……被揪了出来，抛进了“牛棚”。
在蹲“牛棚”的日子里，干最脏最累的活儿，体罚、揪斗是很平常的事，从表面上看，他最软弱，不声不响，逆来顺受，但他内心是很倔强的，他要求自己一定要顽强地活下去，不能像老舍那样寻短见。也不能憋闷自己，生出一场大病来。他要求自己事事往开处想，健康地活下来，让时间证明他是正派、善良、热爱毛主席、热爱共产党的好人！
不久，荀慧生被押送到京郊的沙河农场，当时叫作“下干校”。对于革命群众来讲是劳动锻炼，对于“牛鬼蛇神”来说就是监督劳动，荀慧生是属于监督之列，进行的是劳动改造。
１９６８年１２月的一天，荀慧生感到自己的体力实在不行了。他的腿和脚都肿了，身子很虚弱，有些上气不接下气，但他还是挣扎着起来，下地去劳动。途中他实在支持不住自己那越来越沉重的身躯，也不知道自己怎么会倒在了瑟瑟北风之中。他听到了有人骂他“装死”，有人说他这是“逃避劳动”，也有人叹息……让人难以想象的是，他们竟然让他在冷冰冰的泥地上，在寒风之中躺了四个多小时，他感到很冷，可他一动也动不了。四个多小时呀，没有救护，没有医疗，没有保温措施……当女儿赶到时，荀慧生已是气息奄奄。女儿哭着，叫着，哀求着，总算是把他送进了医院。
荀慧生发着高烧，医生诊断是“老年肺炎”。医护人员抱怨家属耽误了，送来得太晚，生命危在旦夕。病床边只有女儿，她含着眼泪对爸爸说：“我得到单位里看看，请个假。爸爸，我一会儿就回来。爸爸，您可要等着我，等着我回来呀?……”
女儿含着泪去了。她不是不懂事，也不是狠心，荀慧生的女儿，处境是可想而知的。荀慧生的床边没一个亲人。他等呵等，等了许久，没有一个亲人来。他心里很明白，家人来趟医院不是件容易事，因为他们和他一样，都失去了人身自由。他实在是等不及了……。这一天是１９６８年１２月２６日。
１９７９年，荀慧生得以恢复名誉。
同年５月２４日，荀慧生追悼会和骨灰安葬仪式在北京八宝山革命烈士公墓礼堂举行，有近二千人参加追悼会。党中央领导人邓小平、胡耀邦、陈云、谭震林等和文艺界知名人士等送了花圈。
